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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请教各位大虾 DGGE电泳图哪个参数要改
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木子勇夏

新虫 (小有名气)

[求助] 请教各位大虾 DGGE电泳图哪个参数要改

新手上路，大家多多指教。

DGGE.jpg
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1楼 2013-01-05 16:50:34
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

在雨中

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
木子勇夏: 金币+1 2013-05-17 15:20:02
引用回帖:
17楼: Originally posted by 在雨中 at 2013-01-15 21:10:47
我做过几次NS1+GC-Fung的DGGE，这个扩增片段是349bp，我们一般是10-50%的梯度。一般是70-80V，10-12h。建议低电压长时间电泳。

给你看看我们实验室刚做的真菌NS1 和Fung引物扩增的真菌PCR产物的DGGE电泳图。不错吧

DGGE.png
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18楼2013-01-15 21:12:44
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普通回帖

木子勇夏

新虫 (小有名气)
条带大小业约为200bp，电压 160V 温度58   4.5h
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2楼2013-01-05 16:56:12
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的样品是什么？胶的梯度呢？跑的时间太短了，160V怎么也得7个小时吧，细菌的DGGE有人推荐1230V.h这个条件
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3楼2013-01-05 19:10:35
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木子勇夏

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by elbo at 2013-01-05 19:10:35
你的样品是什么？胶的梯度呢？跑的时间太短了，160V怎么也得7个小时吧，细菌的DGGE有人推荐1230V.h这个条件

谢谢您哦，细菌的我的这个条件跑得挺好的，这个是真菌的，参照别人的条件，跑出来的效果却是这样的，太不理想了。   胶梯度是10%~35%。
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4楼2013-01-06 08:34:58
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我觉得你应该改胶的浓度
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5楼2013-01-06 12:35:29
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木子勇夏

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by elbo at 2013-01-06 12:35:29
我觉得你应该改胶的浓度

哦，谢谢。不知道浓度方面有什么建议呢？
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6楼2013-01-07 10:32:08
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我同学跑土壤真菌 30-50梯度，你看你DGGE图谱中带没跑开，很可能是胶浓度不对
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

木子勇夏
7楼2013-01-07 13:02:33
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木子勇夏

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by elbo at 2013-01-07 13:02:33
我同学跑土壤真菌 30-50梯度，你看你DGGE图谱中带没跑开，很可能是胶浓度不对

哦，谢谢你的提示，我也要尝试一下，请问你同学的引物是NS1+GC-Fung吗？条带大小是不是300左右？
我之前跑真菌试过18%~38%，也差不多是这样的图。
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8楼2013-01-08 11:01:18
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

有时候也跑20-50梯度，引物是那个不知道，但DGGE所需PCR产物长短变化不大。
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9楼2013-01-08 11:33:39
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xiaowo1127

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

楼主，你好，我想请教一下，你是做土壤微生物的吗？我是研究这方面的，但是做过很多次，PCR始终不成功，请问楼主能否把你的细菌PCR条件给我看一下呢~~~
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10楼2013-01-10 15:47:43
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