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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » AFLP选扩弥散，无很明显主带
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bluesun5198

银虫 (小有名气)

[求助] AFLP选扩弥散，无很明显主带

做基因组DNA, AFLP引物筛选，第一张图是预扩增琼脂糖检测结果，第一排是我的预扩产物（下面是帮人带的样）60V 1h， 1%的胶，没注意显色剂Gelred和胶的比例，故跑的不是很好。（酶切连接产物没有稀释直接做的预扩）

后面两张都是同一块选扩的胶，一个是正常曝光，另一个是过曝光的，由于点样孔漏了，故只有前两排孔比较完整。3%的胶，70V 50分钟捡的，感觉选扩的引物没有一个能用的，不想上聚丙酰胺凝胶了，想直接跑荧光了。（选扩引物是师姐留下的，时间有点久，溶液-20大概放了1年了，不知道还能用不）

求高人指点，是我选扩体系的问题，还是引物的问题，还是说我的预扩出问题了。可以直接上荧光不？关键荧光引物贵啊。求指点啊

dell 2012-12-27 13hr 55min52(2) LY6 L1 L2 L24 L25 H21 H20.jpg



dell 2012-12-31 14hr 09min选扩1.jpg



dell 2012-12-31 14hr 13min过曝光.jpg

[ Last edited by bluesun5198 on 2013-1-3 at 23:00 ]
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1楼 2013-01-03 22:50:10
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小河弯弯07

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bluesun5198: 金币+10, ★有帮助 2013-01-04 15:52:29
建议还是跑聚丙烯酰胺凝胶电泳，我觉得引物没问题，就是带没跑开。另外，上样量，胶浓，电泳电压，时间都需要你自己摸索优化。
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bluesun5198
2楼2013-01-04 09:33:35
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liugs

禁虫 (正式写手)
感谢参与，应助指数 +1
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bluesun5198
3楼2013-01-04 11:21:17
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bluesun5198

银虫 (小有名气)
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引用回帖:
2楼: Originally posted by 小河弯弯07 at 2013-01-04 09:33:35
建议还是跑聚丙烯酰胺凝胶电泳，我觉得引物没问题，就是带没跑开。另外，上样量，胶浓，电泳电压，时间都需要你自己摸索优化。

谢谢回复，我再摸索摸索，非常感谢
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4楼2013-01-04 15:51:09
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bluesun5198

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by liugs at 2013-01-04 11:21:17
没有检测之前都不知道呢,先检测几个试试吧！

好的，谢谢
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5楼2013-01-04 15:51:54
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bluesun5198

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小河弯弯07 at 2013-01-04 09:33:35
建议还是跑聚丙烯酰胺凝胶电泳，我觉得引物没问题，就是带没跑开。另外，上样量，胶浓，电泳电压，时间都需要你自己摸索优化。

但是为什么预扩产物基本正常，而选扩又在大于750bp处出现了条带呢
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6楼2013-01-04 15:54:24
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小河弯弯07

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by bluesun5198 at 2013-01-04 15:54:24
但是为什么预扩产物基本正常，而选扩又在大于750bp处出现了条带呢...

我都是选扩完直接跑聚丙烯酰胺的，预扩、选扩都不跑琼脂糖
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7楼2013-01-05 13:58:45
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bluesun5198

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 小河弯弯07 at 2013-01-05 13:58:45
我都是选扩完直接跑聚丙烯酰胺的，预扩、选扩都不跑琼脂糖...

哦，谢谢，今天用重新做的预扩产物做的选扩，感觉效果好了些，有几个样品酶切产物应该有问题。我再继续试试，多谢指点
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8楼2013-01-05 18:52:50
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小河弯弯07

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by bluesun5198 at 2013-01-05 18:52:50
哦，谢谢，今天用重新做的预扩产物做的选扩，感觉效果好了些，有几个样品酶切产物应该有问题。我再继续试试，多谢指点...

对你有帮助就行，实验不理想原因实在太多了，某个环节出问题都会影响最终的结果，最好自然就是重做咯，祝你实验顺利~
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9楼2013-01-07 09:58:26
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zhangyonghu

木虫 (小有名气)
你好
你的AFLP做的怎么样了？
我遇到同样的问题了，请教
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10楼2013-03-05 18:08:29
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