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xiayongxiu

金虫 (正式写手)

[求助] 荧光定量的引物可否在3‘非翻译区设计啊?

本人最近想做荧光定量,由于目的基因的3’非翻译区比较长,长达2000多bp,如果反转录的时候用oligo(dT)作为反转录引物,反转录的cDNA容易断裂,害怕在我的荧光定量引物之前cDNA就断裂了,那么我的定量就不准确了。请教各位大侠,能否在3‘非翻译区设计啊?
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jnzhang2000

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiayongxiu: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-03 18:38:34
是可以的,但是3‘UTR特异性相对会差一些,所以一定要保证引物的特异性,设计完了要去BLAST一下。不过你的基因3’UTR有多长呀?很一般的反转录酶也可以保证至少1.5kb的反转效率,而且只要操作规范,mRNA也没那么容易降解。
2楼2012-12-03 18:28:02
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xiayongxiu

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
我已??知???答案了,最好还是????从3‘???转译区设计,毕竟CDS区??是编??蛋白质的,???翻译区???能存在?????性较高的问题,??过还是谢谢你的???情分享,最基本的东西我以??也看过,???光定??也???过1??2次,???是???得??怎么???想,主??还是因为???转录的问题,
一切都要靠自己努力
3楼2012-12-03 18:35:15
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