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xiangsophie

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[求助] 菌种鉴定出现了两种不同的结果

DNA来源相同，当时怕出问题就多提了一管DNA，做PCR, 目的条带切胶纯化回收，连接，转化，挑克隆子，培养，菌落PCR确定目的条带后，送出去鉴定，结果得到两个答案，一个是金黄色葡萄球菌（与其全基因组序列相匹配）但是我的菌的形态及性质和金黄色葡萄球菌是截然不同的，另外一个显示是芽孢杆菌属，亲缘关系最相近的是一株从南极洲分离出来的芽孢杆菌。请问下这是什么原因啊，谢谢。（注：我送了两家公司测序，测序结果是一致的）

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1楼 2012-11-26 08:09:43

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Marado

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Dreamer

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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xiangsophie: 金币+20, ★有帮助 2012-11-26 14:29:58

很明显你这个是污染了，我们实验室做了一年多的菌株鉴定，有真菌也有细菌，你这个原因可能出在：
首先，你这个很明显是做的16s的菌株鉴定，目的条带1500bp吧，你PCR的时候是否做了水对照，水是否能P出目的条带，如果对照没问题，那么肯定是你之前提取的DNA有污染，也就是说你提取的DNA不是你要测序的那个菌株，第一步就污染了.
建议你这样做：重新培养涂平板挑单菌落，保证你要测序的菌株不被污染，其次PCR做好对照，菌落PCR尤其是菌株鉴定的16s，一点小污染，对照都可能P出目的条带的.
PS：祝好运.

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xiangsophie

Look,ifyouhadoneshot,oroneopportunity,toseizeeverythingyoueverwanted,inonemoment.Wouldyoucaptureit,orjustletitslip?

2楼2012-11-26 11:24:53

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xiangsophie

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引用回帖:

2楼: Originally posted by Marado at 2012-11-26 11:24:53
很明显你这个是污染了，我们实验室做了一年多的菌株鉴定，有真菌也有细菌，你这个原因可能出在：
首先，你这个很明显是做的16s的菌株鉴定，目的条带1500bp吧，你PCR的时候是否做了水对照，水是否能P出目的条带，如 ...

谢谢！我们的阴性对照没有P出条带来，当时我的那个菌是从-80拿出来，活化一代后，接种培养提的DNA。看来是要重凃平板挑单菌落了。

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3楼2012-11-26 14:33:23

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