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xiangsophie

铜虫 (小有名气)

[求助] 菌种鉴定出现了两种不同的结果

DNA来源相同,当时怕出问题就多提了一管DNA,做PCR, 目的条带切胶纯化回收,连接,转化,挑克隆子,培养,菌落PCR确定目的条带后,送出去鉴定,结果得到两个答案,一个是金黄色葡萄球菌(与其全基因组序列相匹配)但是我的菌的形态及性质和金黄色葡萄球菌是截然不同的,另外一个显示是芽孢杆菌属,亲缘关系最相近的是一株从南极洲分离出来的芽孢杆菌。请问下这是什么原因啊,谢谢。(注:我送了两家公司测序,测序结果是一致的)
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Marado

金虫 (正式写手)

Dreamer

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiangsophie: 金币+20, 有帮助 2012-11-26 14:29:58
很明显你这个是污染了,我们实验室做了一年多的菌株鉴定,有真菌也有细菌,你这个原因可能出在:
首先,你这个很明显是做的16s的菌株鉴定,目的条带1500bp吧,你PCR的时候是否做了水对照,水是否能P出目的条带,如果对照没问题,那么肯定是你之前提取的DNA有污染,也就是说你提取的DNA不是你要测序的那个菌株,第一步就污染了.
建议你这样做:重新培养涂平板挑单菌落,保证你要测序的菌株不被污染,其次PCR做好对照,菌落PCR尤其是菌株鉴定的16s,一点小污染,对照都可能P出目的条带的.
PS:祝好运.

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

Look,ifyouhadoneshot,oroneopportunity,toseizeeverythingyoueverwanted,inonemoment.Wouldyoucaptureit,orjustletitslip?
2楼2012-11-26 11:24:53
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xiangsophie

铜虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by Marado at 2012-11-26 11:24:53
很明显你这个是污染了,我们实验室做了一年多的菌株鉴定,有真菌也有细菌,你这个原因可能出在:
首先,你这个很明显是做的16s的菌株鉴定,目的条带1500bp吧,你PCR的时候是否做了水对照,水是否能P出目的条带,如 ...

谢谢!我们的阴性对照没有P出条带来,当时我的那个菌是从-80拿出来,活化一代后,接种培养提的DNA。看来是要重凃平板挑单菌落了。
3楼2012-11-26 14:33:23
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55晴朗天天

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiangsophie: 金币+10 2012-11-27 08:10:54
最好是从-80挑出来的菌 划板一次后,挑单菌落 纯化一次,然后再准备提DNA
有梦就有希望!想就有可能!
4楼2012-11-26 16:21:05
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55晴朗天天

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xiangsophie: 金币+10 2012-11-27 08:11:10
我一般做的时候  先活化培养一次,然后挑单菌落纯化,然后再挑单菌落纯化培养,选第二次培养的单菌落进行液体培养提DNA
有梦就有希望!想就有可能!
5楼2012-11-26 16:23:14
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liujianmin68

木虫 (职业作家)

努力发展交叉学科

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2012-11-27 10:37:33
非常同意Marado的观点,做细菌鉴定与克隆真核生物的基因有较大差别,如果是克隆真核微生物的功能基因,你的PCR操作在实验台上进行一般就不会有问题,而作细菌基因克隆,所有的操作都要避免外源微生物的污染,包括空气中的微生物,因此,PCR操作也一定要保证在超净工作台上进行。
转向地质微生物学
6楼2012-11-27 10:35:10
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none小妞

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

会不会是你的测序结果没有去载体?
7楼2013-01-08 17:08:03
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安潇潇

新虫 (小有名气)

楼主,你得问题解决了吗?我也出现了同种问题。想问下你怎么解决的
8楼2019-10-26 19:40:25
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