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gromacs 模拟NPT系宗出问题
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请教，各位，我在gromacs模拟NPT系宗的过程中，又需要限制一些原子的位置，使用freezegrps 或者 position restraint的时候，都会报错，请教各位遇到如此问题如何解决呢？ 多谢 追加问题： 我的模拟体系是中间有个膜（膜使用了position restraint），在Z方向上把溶液隔开，膜中间有空，可以使溶液通过孔来实现流动。现在要使用NPT系宗来调节密度，想要保持XY平面大小不变，通过调节z方向的长度来实现，设置如下： ; Pressure coupling = Pcoupl = berendsen Pcoupltype = semiisotropic ; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar) = tau_p = 40 40 compressibility = 0 5e-5 ref_p = 0 10.0 refcoord_scaling = all NPT系宗模拟的结果是Z方向上的长度不断增大，最后模拟的盒子里水中出现了真空。这很明显不对的 按照我的理解，正确的结果应该是xy方向的盒子长度不变，而Z方向的盒子逐渐减小最后达到一个稳定的值。 请教各位，出现这样的错误，如何解决呢？ 非常感谢 ************************************************************************************************************************************ 我的问题解决了，问题出在使用 berendsen pressure coupling，并且在模拟体系里使用了 position restraint或者 freeze group，gromacs的手册里第32页有段话： “ If you allow full anisotropic deformations and use constraints you might have to scale more slowly or decrease your timestep to avoid errors from the constraint algorithms. It is important to note that although the Berendsen pressure control algorithm yields a simulation with the correct average pressure, it does not yield the exact NPT ensemble, and it is not yet clear exactly what errors this approximation may yield. ” 我把压力增大到1000bar的时候，体系正常压缩，密度达到合适终止此过程即可。 我再测试使用别的pressure coupling试试。 盒子的长度Z方向的变化与设想一致的： box length.wmf[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-10-7 at 10:39 ] |
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2012-10-07 10:39:13, 47.88 K
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chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-12-02 10:31:33
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我是这样的：模型建立之后先能量最小化 然后先NVT平衡一小段，再NPT 平衡调节到达合适的密度，再NVT平衡长一些时间，再最后模拟。具体情况具体分析吧 freezegrps 在平衡中可以用啊。 “怎么限制一些氨基酸残基和辅因子”，你在mdp 文件中定义freeze group 或者position restraint 都行啊，具体怎么做去看看手册。 上下两个单层离得较远，是什么意思？你模拟的是bilayer吗？我试过胡乱的把lipid放在水里，经过一段时间模拟之后，他们自动就会形成bilayer，这方面的文章很多，去看看吧。 |
7楼2012-11-29 09:42:17
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chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-02 10:31:25
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http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... roubleshooting.html 因为我是修改C原子的范德华半径，加的溶剂， 我觉得这个讲的还不错。  |
8楼2012-11-30 11:33:06
juanjuan0618
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9楼2017-02-24 09:51:22
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