| 查看: 3287 | 回复: 8 | ||||
[求助]
gromacs 模拟NPT系宗出问题
|
|
请教，各位，我在gromacs模拟NPT系宗的过程中，又需要限制一些原子的位置，使用freezegrps 或者 position restraint的时候，都会报错，请教各位遇到如此问题如何解决呢？ 多谢 追加问题： 我的模拟体系是中间有个膜（膜使用了position restraint），在Z方向上把溶液隔开，膜中间有空，可以使溶液通过孔来实现流动。现在要使用NPT系宗来调节密度，想要保持XY平面大小不变，通过调节z方向的长度来实现，设置如下： ; Pressure coupling = Pcoupl = berendsen Pcoupltype = semiisotropic ; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar) = tau_p = 40 40 compressibility = 0 5e-5 ref_p = 0 10.0 refcoord_scaling = all NPT系宗模拟的结果是Z方向上的长度不断增大，最后模拟的盒子里水中出现了真空。这很明显不对的 按照我的理解，正确的结果应该是xy方向的盒子长度不变，而Z方向的盒子逐渐减小最后达到一个稳定的值。 请教各位，出现这样的错误，如何解决呢？ 非常感谢 ************************************************************************************************************************************ 我的问题解决了，问题出在使用 berendsen pressure coupling，并且在模拟体系里使用了 position restraint或者 freeze group，gromacs的手册里第32页有段话： “ If you allow full anisotropic deformations and use constraints you might have to scale more slowly or decrease your timestep to avoid errors from the constraint algorithms. It is important to note that although the Berendsen pressure control algorithm yields a simulation with the correct average pressure, it does not yield the exact NPT ensemble, and it is not yet clear exactly what errors this approximation may yield. ” 我把压力增大到1000bar的时候，体系正常压缩，密度达到合适终止此过程即可。 我再测试使用别的pressure coupling试试。 盒子的长度Z方向的变化与设想一致的： box length.wmf[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-10-7 at 10:39 ] |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : boxlength.wmf
2012-10-07 10:39:13, 47.88 K
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 gromacs |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
469187892» 猜你喜欢
梦想
已经有8人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有19人回复
-
面上合作单位盖章
已经有9人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有17人回复
-
为什么国自然不能直接公布
已经有5人回复
-
学科评审组评审是指会评吗？
已经有4人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有14人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有12人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs NPT 系综如何模拟？
已经有8人回复
- gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
已经有4人回复
- gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附
已经有9人回复
- 如何使用gromacs进行多分子模拟？
已经有7人回复
- Gromacs处理二氧化硅为基底的体系
已经有3人回复
- 请教GROMACS安装
已经有8人回复
- Gromacs中加入离子
已经有5人回复
- 【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场
已经有8人回复
- 【讨论】gromacs电荷不为整数
已经有6人回复
- 【原创】在gromacs的gro中插入小分子
已经有12人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】有关gromacs得两个问题
已经有10人回复
2楼2012-10-06 13:14:14
 |
3楼2012-10-06 16:51:17
4楼2012-10-06 18:56:24
5楼2012-10-06 19:13:26
469187892
银虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 909.7
- 散金: 15
- 帖子: 54
- 在线: 21.1小时
- 虫号: 1441709
- 注册: 2011-10-14
- 专业: 理论和计算化学
6楼2012-11-29 08:54:45
★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-12-02 10:31:33
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-12-02 10:31:33
|
我是这样的：模型建立之后先能量最小化 然后先NVT平衡一小段，再NPT 平衡调节到达合适的密度，再NVT平衡长一些时间，再最后模拟。具体情况具体分析吧 freezegrps 在平衡中可以用啊。 “怎么限制一些氨基酸残基和辅因子”，你在mdp 文件中定义freeze group 或者position restraint 都行啊，具体怎么做去看看手册。 上下两个单层离得较远，是什么意思？你模拟的是bilayer吗？我试过胡乱的把lipid放在水里，经过一段时间模拟之后，他们自动就会形成bilayer，这方面的文章很多，去看看吧。 |
7楼2012-11-29 09:42:17
469187892
银虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 909.7
- 散金: 15
- 帖子: 54
- 在线: 21.1小时
- 虫号: 1441709
- 注册: 2011-10-14
- 专业: 理论和计算化学
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-02 10:31:25
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-02 10:31:25
|
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... roubleshooting.html 因为我是修改C原子的范德华半径，加的溶剂， 我觉得这个讲的还不错。  |
8楼2012-11-30 11:33:06
juanjuan0618
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 179.6
- 帖子: 94
- 在线: 23.6小时
- 虫号: 1160553
- 注册: 2010-12-02
- 专业: 实验地球化学和计算地球化
9楼2017-02-24 09:51:22
20