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请教蛋白双向电泳与质谱方面的一些问题
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1.请问能直接从双向电泳图上分辨出结构蛋白与功能蛋白吗？ 2.上图是我蛋白点的质谱分析结果，如何从中挑选有意义的点做二级质谱？挑峰度高的吗？ 3.做二级质谱的话可以确定肽的序列吗？看到过一个帖子说通过二级质谱，根据碎片的b和y系列离子可以推出序列，请问大家有相关文章吗？ 请各位大神多多指教。 我是我们实验室第一个做蛋白的，根本没基础，看了些文章，感觉还是步履蹒跚，可以给些蛋白质谱分析的文献资料什么的吗，先谢谢大家啦！！  120_P181.jpg |
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 蛋白质生物学实验经验 | 【分子生物】EPI帖 | 电泳、bio-rad 电转化仪及操作 |
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凌波丽
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用MS-MS对多肽的从头测序 不是 用MS测定蛋白质的酶解片段从数据库中鉴定出已知的蛋白质！两者是不同的过程！请见：魏开华、应天翼 等 编著，蛋白质组学实验技术精编，化工出版社，2010,101-105，里面对两种质谱操作说的很清楚，另外还有不少英文版的MS指导书具体说明了用MS-MS对多肽的从头测序 和 用MS测定蛋白质的酶解片段从数据库中鉴定出已知的蛋白质这两种截然不同的操作。 另外也可以用Ladder Sequencing 方法（阶梯法）对蛋白质进行从头测序，这就是将MS与Edman降解法两者结合，Edman降解从N末端每次降解下来一个氨基酸，形成PTH-AA，然后此PTH-AA不用HPLC通过分子量鉴定，而是通过MS鉴定出其分子量，进而通过MS获得Edman降解从N末端每次降解下来一个氨基酸的身份，周而复始获得此蛋白质的全序列。 |
8楼2014-08-21 12:11:14
dshlove
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励应助 2012-09-13 14:34:20
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小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励应助 2012-09-13 14:34:20
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1.电泳只是起到蛋白分子量鉴定的作用，而且双向电泳更多是来确定目的蛋白的。不能通过电泳分辨出结构蛋白与功能蛋白。 2.如果你是用Q-tof的，建议你每一个都做一下二级谱图，毕竟你不知道一级谱得到的是蛋白碎片还是杂蛋白。 3.二级谱理论上是不能直接做未知蛋白序列的分析的。未知序列更多是要依赖酶切或者化学方法水解，并且只能测得N端或者C端的十几个氨基酸。 但是可以分析已知序列上的修饰，比如二硫键什么的。当然碰撞池的碰撞概率不同，有时候可能得不到你需要的碎片。 至于文章，可以去google上找，很多的，看别人是怎么做的，但是我觉得更多还是要靠自己去摸索的。 希望能帮上。 |
2楼2012-09-13 10:59:52
3楼2012-09-13 11:54:09
dshlove
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4楼2012-09-13 12:43:20