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请教蛋白双向电泳与质谱方面的一些问题
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蛋白质生物学实验经验 | 【分子生物】EPI帖 | 电泳、bio-rad 电转化仪及操作 |
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凌波丽
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做二级质谱的话可以确定肽的序列吗?看到过一个帖子说通过二级质谱,根据碎片的b和y系列离子可以推出序列,请问大家有相关文章吗? 请各位大神多多指教。 用MS-MS对多肽测序的问题,我回答过,请见: 确定蛋白质—多肽相互作用结合位点的实验设计:凌波丽个人总结之二 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6739957 但是MS-MS只能从头测定出大约40个氨基酸以下的多肽的序列,再多的话就无能为力了,而且需要相关的软件。 要具体了解可见:魏开华、应天翼 等 编著,蛋白质组学实验技术精编,化工出版社,2010,101-103. |
7楼2014-08-21 12:03:03
dshlove
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【答案】应助回帖
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小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励应助 2012-09-13 14:34:20
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小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励应助 2012-09-13 14:34:20
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1.电泳只是起到蛋白分子量鉴定的作用,而且双向电泳更多是来确定目的蛋白的。不能通过电泳分辨出结构蛋白与功能蛋白。 2.如果你是用Q-tof的,建议你每一个都做一下二级谱图,毕竟你不知道一级谱得到的是蛋白碎片还是杂蛋白。 3.二级谱理论上是不能直接做未知蛋白序列的分析的。未知序列更多是要依赖酶切或者化学方法水解,并且只能测得N端或者C端的十几个氨基酸。 但是可以分析已知序列上的修饰,比如二硫键什么的。当然碰撞池的碰撞概率不同,有时候可能得不到你需要的碎片。 至于文章,可以去google上找,很多的,看别人是怎么做的,但是我觉得更多还是要靠自己去摸索的。 希望能帮上。 |
2楼2012-09-13 10:59:52
3楼2012-09-13 11:54:09
dshlove
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