24小时热门版块排行榜    

查看: 782  |  回复: 5

cnb1987

银虫 (小有名气)

[求助] 关于引物设计

最近在设计引物,关于启动子区SNP检测的引物,设计错配碱基酶切引物,发现不好设计,设计出来的引物在3‘端需要三个错配碱基,请问一下有三个错配碱基的引物,能将目的片段克隆出来么?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lecou

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cnb1987: 金币+2, ★★★很有帮助, 嗯,希望对我又帮助 2012-09-05 11:01:55
无所谓的,我经常酶切位点加保护碱基有六个错配的,如果你觉得不保险可以把引物设计长点
希望自己能平常心面对实验中的种种
2楼2012-09-05 07:57:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cnb1987

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lecou at 2012-09-05 07:57:15
无所谓的,我经常酶切位点加保护碱基有六个错配的,如果你觉得不保险可以把引物设计长点

呵呵,是么?我的引物是在3‘端错配的。这样也没关系么?
3楼2012-09-05 11:01:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lecou

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

应该也没事,不影响下一个碱基的配对吧,只是提供了一个羟基,只要结合到合适的位置就行了,平时pcr的时候也会有的地方出现错误的,但是不觉得有影响下一步的合成
希望自己能平常心面对实验中的种种
4楼2012-09-05 14:05:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cnb1987

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lecou at 2012-09-05 14:05:49
应该也没事,不影响下一个碱基的配对吧,只是提供了一个羟基,只要结合到合适的位置就行了,平时pcr的时候也会有的地方出现错误的,但是不觉得有影响下一步的合成

你好,我上次询问你的问题,我现在引物合成回来了,上次你可以搞错了,我要做的是RFLP,来检测SNP,我的错配碱基是在3'端,而加酶切位点和保护碱基是在5‘端的!现在引物回来了,扩不出来,你能给点什么建议么?
5楼2012-10-06 15:08:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lecou

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我感觉3‘的三个错配应该不会有很大问题,你可以另合成一组3’没有错配的对照一下,验证是不是pcr条件或者是基因组之类的原因,如果对照出来了,才能说明真的有可能是3‘错配的原因。我不做AFLP所以我就不太了解了,不过我觉得3’端的那三个是来在不同的DNA位置配对吧,我也记不清楚了,祝你实验顺利!
希望自己能平常心面对实验中的种种
6楼2012-10-08 15:49:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cnb1987 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿南京理工大学085701资源与环境302分求调剂 +5 葵梓卫队 2026-03-18 7/350 2026-03-23 16:26 by lingjue
[考研] 0854电子信息求调剂 324 +3 Promise-jyl 2026-03-23 3/150 2026-03-23 13:43 by wangkm
[考研] 070300,一志愿北航320求调剂 +3 Jerry0216 2026-03-22 5/250 2026-03-23 09:16 by 。。堂堂
[考研] 一志愿070300浙大化学358分,求调剂! +4 酥酥鱼.. 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:12 by Iveryant
[考研] 280分求调剂 一志愿085802 +4 PUMPT 2026-03-22 7/350 2026-03-22 22:13 by 星空星月
[考研] 311求调剂 +6 冬十三 2026-03-18 6/300 2026-03-22 20:18 by edmund7
[考研] 寻找调剂 +4 倔强芒? 2026-03-21 4/200 2026-03-22 16:14 by 木托莫露露
[考研] 269专硕求调剂 +6 金恩贝 2026-03-21 6/300 2026-03-22 14:31 by ColorlessPI
[考研] 278求调剂 +9 烟火先于春 2026-03-17 9/450 2026-03-21 17:47 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-20 7/350 2026-03-21 16:36 by barlinike
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂求学校推荐 +3 伯乐29 2026-03-18 5/250 2026-03-20 22:59 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 求调剂,一志愿:南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕,总分289分 +4 @taotao 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:14 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西安交通大学 学硕 354求调剂211或者双一流 +3 我想要读研究生 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:13 by JourneyLucky
[考研] 0856调剂,是学校就去 +8 sllhht 2026-03-19 9/450 2026-03-20 14:25 by 无懈可击111
[考研] 0703化学调剂 +4 18889395102 2026-03-18 4/200 2026-03-19 16:13 by 30660438
[考研] 一志愿福大288有机化学,求调剂 +3 小木虫200408204 2026-03-18 3/150 2026-03-19 13:31 by houyaoxu
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
信息提示
请填处理意见