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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于引物设计
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cnb1987

银虫 (小有名气)

[求助] 关于引物设计

最近在设计引物，关于启动子区SNP检测的引物，设计错配碱基酶切引物，发现不好设计，设计出来的引物在3‘端需要三个错配碱基，请问一下有三个错配碱基的引物，能将目的片段克隆出来么？
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1楼 2012-09-04 21:38:29
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lecou

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cnb1987: 金币+2, ★★★很有帮助, 嗯，希望对我又帮助 2012-09-05 11:01:55
无所谓的，我经常酶切位点加保护碱基有六个错配的，如果你觉得不保险可以把引物设计长点
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希望自己能平常心面对实验中的种种
2楼2012-09-05 07:57:15
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cnb1987

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lecou at 2012-09-05 07:57:15
无所谓的，我经常酶切位点加保护碱基有六个错配的，如果你觉得不保险可以把引物设计长点

呵呵，是么？我的引物是在3‘端错配的。这样也没关系么？
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3楼2012-09-05 11:01:19
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lecou

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

应该也没事，不影响下一个碱基的配对吧，只是提供了一个羟基，只要结合到合适的位置就行了，平时pcr的时候也会有的地方出现错误的，但是不觉得有影响下一步的合成
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希望自己能平常心面对实验中的种种
4楼2012-09-05 14:05:49
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cnb1987

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lecou at 2012-09-05 14:05:49
应该也没事，不影响下一个碱基的配对吧，只是提供了一个羟基，只要结合到合适的位置就行了，平时pcr的时候也会有的地方出现错误的，但是不觉得有影响下一步的合成

你好，我上次询问你的问题，我现在引物合成回来了，上次你可以搞错了，我要做的是RFLP，来检测SNP，我的错配碱基是在3'端，而加酶切位点和保护碱基是在5‘端的！现在引物回来了，扩不出来，你能给点什么建议么？
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5楼2012-10-06 15:08:13
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lecou

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我感觉3‘的三个错配应该不会有很大问题，你可以另合成一组3’没有错配的对照一下，验证是不是pcr条件或者是基因组之类的原因，如果对照出来了，才能说明真的有可能是3‘错配的原因。我不做AFLP所以我就不太了解了，不过我觉得3’端的那三个是来在不同的DNA位置配对吧，我也记不清楚了，祝你实验顺利！
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希望自己能平常心面对实验中的种种
6楼2012-10-08 15:49:20
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