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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 核苷酸同源性高，但氨基酸没有同源性，有可能吗
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恶魔眼球

木虫 (小有名气)

[求助] 核苷酸同源性高，但氨基酸没有同源性，有可能吗

如题。测序回来的序列经过校对后，与其他物种进行比对，得到高同源性。。但是将其转化为氨基酸序列后，再进行比对。。却发现没有物种与之有同源性。。
理论上不是应该氨基酸获得的同源性更高吗？会不会是转化上出问题呢？转化需要注意些什么吗？
各位大侠，指点指点吧~在此先拜谢了~
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1楼 2012-08-30 11:12:47
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547star

木虫 (著名写手)
最常见的原因是核酸序列中多个地方含有插入或缺失,导致6框翻译虽然一段段氨基酸相似,但因为不同时正确出现,而显示氨基酸序列相似性不高.处理的方法是先找正确的核酸序列(ORF比较长，完整的），作为对照序列与目标序列比对，把目标序列有插入或缺失的序列先修改（删除/添加的碱基可以参考对照序列），最容易出现测序错误的地方是连续相同的碱基的部分，如果有测序彩图，可以拿来重点分析出现连续碱基的地方，以得到更贴近实际的序列。修改过后的序列就都能得到相似性比较高的氨基酸序列，可以做进一步分析。
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恶魔眼球
为什么
7楼2012-08-31 11:14:47
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-08-30 14:47:12
恶魔眼球: 金币+5, ★有帮助 2012-08-31 08:34:03
在翻译过程中，请选择FRAME1，2，3分别翻译后比对。按道理，核苷酸序列如果同源性很高，氨基酸应该有有很好的同源性，虽然可能有一些氨基酸变异。
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2楼2012-08-30 13:09:34
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恶魔眼球

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chenguestc at 2012-08-30 13:09:34
在翻译过程中，请选择FRAME1，2，3分别翻译后比对。按道理，核苷酸序列如果同源性很高，氨基酸应该有有很好的同源性，虽然可能有一些氨基酸变异。

3种都试了，依然不行。。会是什么原因呢
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3楼2012-08-30 17:04:34
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
恶魔眼球: 金币+5, ★有帮助 2012-08-31 08:34:15
请到NCBI里把你的核苷酸序列输入，然后用BLASTX比对看，不用自己翻译，NCBI就直接用你的核苷酸自己翻译然后给你比对出氨基酸序列
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4楼2012-08-31 06:47:51
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