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恶魔眼球

木虫 (小有名气)

[求助] 核苷酸同源性高,但氨基酸没有同源性,有可能吗

如题。测序回来的序列经过校对后,与其他物种进行比对,得到高同源性。。但是将其转化为氨基酸序列后,再进行比对。。却发现没有物种与之有同源性。。
理论上不是应该氨基酸获得的同源性更高吗?会不会是转化上出问题呢?转化需要注意些什么吗?
各位大侠,指点指点吧~在此先拜谢了~
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-08-30 14:47:12
恶魔眼球: 金币+5, 有帮助 2012-08-31 08:34:03
在翻译过程中,请选择FRAME1,2,3分别翻译后比对。按道理,核苷酸序列如果同源性很高,氨基酸应该有有很好的同源性,虽然可能有一些氨基酸变异。
2楼2012-08-30 13:09:34
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恶魔眼球

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chenguestc at 2012-08-30 13:09:34
在翻译过程中,请选择FRAME1,2,3分别翻译后比对。按道理,核苷酸序列如果同源性很高,氨基酸应该有有很好的同源性,虽然可能有一些氨基酸变异。

3种都试了,依然不行。。会是什么原因呢
3楼2012-08-30 17:04:34
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
恶魔眼球: 金币+5, 有帮助 2012-08-31 08:34:15
请到NCBI里把你的核苷酸序列输入,然后用BLASTX比对看,不用自己翻译,NCBI就直接用你的核苷酸自己翻译然后给你比对出氨基酸序列
4楼2012-08-31 06:47:51
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恶魔眼球

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by chenguestc at 2012-08-31 06:47:51
请到NCBI里把你的核苷酸序列输入,然后用BLASTX比对看,不用自己翻译,NCBI就直接用你的核苷酸自己翻译然后给你比对出氨基酸序列

嗯。。试过了。。谢啦~
5楼2012-08-31 08:33:40
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xbl3688

银虫 (正式写手)

某些物种偏好一些稀有密码子,核苷酸密码子的三个碱基中有一个存在差异,翻译出的氨基酸就有可能不一样。但是这种情况也不会很离谱,氨基酸序列至少还是有一些同源性的。
生活的乐趣在于善于发现美,学会欣赏美
6楼2012-08-31 09:04:37
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547star

木虫 (著名写手)

最常见的原因是核酸序列中多个地方含有插入或缺失,导致6框翻译虽然一段段氨基酸相似,但因为不同时正确出现,而显示氨基酸序列相似性不高.处理的方法是先找正确的核酸序列(ORF比较长,完整的),作为对照序列与目标序列比对,把目标序列有插入或缺失的序列先修改(删除/添加的碱基可以参考对照序列),最容易出现测序错误的地方是连续相同的碱基的部分,如果有测序彩图,可以拿来重点分析出现连续碱基的地方,以得到更贴近实际的序列。修改过后的序列就都能得到相似性比较高的氨基酸序列,可以做进一步分析。

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为什么
7楼2012-08-31 11:14:47
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恶魔眼球

木虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 547star at 2012-08-31 11:14:47
最常见的原因是核酸序列中多个地方含有插入或缺失,导致6框翻译虽然一段段氨基酸相似,但因为不同时正确出现,而显示氨基酸序列相似性不高.处理的方法是先找正确的核酸序列(ORF比较长,完整的),作为对照序列与目标序 ...

回答得很详细,谢谢啦~
8楼2012-09-01 16:55:38
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mitocam

新虫 (正式写手)

不符合进化规律。
9楼2012-09-02 04:21:28
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