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如何VMD分析gromacs的结果
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xuenihao
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1楼
2012-08-23 16:23:15
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jiaoyixiong
荣誉版主
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模拟EPI: 6
应助: 487
(硕士)
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金币: 14945
散金: 6107
红花: 74
帖子: 3750
在线: 1129.1小时
虫号: 1108016
注册: 2010-09-26
性别: GG
专业: 流体力学
管辖:
分子模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~
2012-08-24 07:50:43
xuenihao: 金币+5,
★★★
很有帮助
2012-08-24 08:50:33
顶楼上;
用vmd显示gromacs的轨迹文件的方法:
mol load gro XX.gro trr XX.trr
或者
mol load gro XX.gro xtc XX.xtc
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3楼
2012-08-24 07:49:51
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loudonghua
银虫
(初入文坛)
模拟EPI: 1
应助: 9
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红花: 2
帖子: 30
在线: 101.5小时
虫号: 1229268
注册: 2011-03-11
专业: 高分子物理与高分子物理化
【答案】应助回帖
★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流
2012-08-24 07:44:00
个人觉得:您先分析一下针对您的体系,您想分析哪方面的性质,那么这些性质与那些物理量相关,再想办法利用vmd计算这些物理量。比方说我想看看一个分子的取向,取向一般用取向角表示,那么我就想办法统计此分子的取向角分布就可以了。至于此量的统计的具体方法可以看看教程
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2楼
2012-08-23 16:54:01
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