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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何VMD分析gromacs的结果
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xuenihao

禁虫 (初入文坛)
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1楼 2012-08-23 16:23:15
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loudonghua

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-08-24 07:44:00
个人觉得：您先分析一下针对您的体系，您想分析哪方面的性质，那么这些性质与那些物理量相关，再想办法利用vmd计算这些物理量。比方说我想看看一个分子的取向，取向一般用取向角表示，那么我就想办法统计此分子的取向角分布就可以了。至于此量的统计的具体方法可以看看教程
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2楼2012-08-23 16:54:01
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-08-24 07:50:43
xuenihao: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-08-24 08:50:33
顶楼上；
用vmd显示gromacs的轨迹文件的方法：
mol  load gro XX.gro trr XX.trr
或者
mol  load gro XX.gro xtc XX.xtc
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3楼2012-08-24 07:49:51
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