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BZ11234

金虫 (小有名气)

[求助] 模拟之后蛋白质的拼接问题

用NAMD模拟完之后,在VMD中显示(如图),部分蛋白质与主体分离,请问如何把蛋白质重新拼接在一起而不需要重新进行NAMD模拟,VMD有这功能,还是要自己写程序调整,谢谢大家!
PS:这是一个周期性BOX
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leewz922

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-08-23 09:18:32
这个是显示问题,因为你设的是周期边界条件,蛋白是没问题的。
3楼2012-08-23 08:34:25
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-08-23 09:18:15
你这个貌似是因为周期边界条件显示引起的吧?
不是脱离了
2楼2012-08-23 08:05:23
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by BZ11234 at 2012-08-23 09:31:50
对,是因为周期性边界条件的原因,但是怎么样才能让它整个蛋白质在一起显示呢,它这样分开显示不利于下一步的计算呀!...

和下一步计算没有关系啊,你下一步计算应该还是周期边界条件吧。
5楼2012-08-23 15:23:12
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