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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 模拟之后蛋白质的拼接问题
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BZ11234

金虫 (小有名气)

[求助] 模拟之后蛋白质的拼接问题

用NAMD模拟完之后，在VMD中显示（如图），部分蛋白质与主体分离，请问如何把蛋白质重新拼接在一起而不需要重新进行NAMD模拟，VMD有这功能，还是要自己写程序调整，谢谢大家！
PS：这是一个周期性BOX
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1楼 2012-08-22 23:15:39
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
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chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-08-23 09:18:15
你这个貌似是因为周期边界条件显示引起的吧？
不是脱离了
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2楼2012-08-23 08:05:23
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leewz922

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-08-23 09:18:32
这个是显示问题，因为你设的是周期边界条件，蛋白是没问题的。
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3楼2012-08-23 08:34:25
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BZ11234

金虫 (小有名气)
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4楼2012-08-23 09:31:50
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by BZ11234 at 2012-08-23 09:31:50
对，是因为周期性边界条件的原因，但是怎么样才能让它整个蛋白质在一起显示呢，它这样分开显示不利于下一步的计算呀！...

和下一步计算没有关系啊，你下一步计算应该还是周期边界条件吧。
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5楼2012-08-23 15:23:12
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