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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 新手求助有关RMSD,RMSF等计算
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)

[求助] 新手求助有关RMSD,RMSF等计算

新手....新的一塌糊涂
手里有一个原始酶，我定点突变之后，很多性质改变了
现在需要分析原因！
第一步，我通过sybyl模建了2个蛋白结构的pdb，打分还行，58
第二部，我考虑计算两个结构的RMSD,RMSF,SASA等，用来评估整体的性质和一些关键区域的性质
问题来了，怎么获得RMSD,RMSF,SASA？
看了一些帖子，先要跑一个MD，然后计算这些值。有2个问题：
1、跑多少ns合适？用什么软件跑，目前有amber7
2、计算RMSD,RMSF,SASA的时候，需要计算全部原子，因为两个蛋白质结构的差异之后一两个侧链不同
谢谢各位
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1楼 2012-08-17 15:22:04
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leewz922

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 鼓励交流 2012-08-17 16:41:20
1、我想先跑10~30ns，你可以先跑10ns,计算RMSD看看蛋白的结构变化是不是稳定了，AMBER7 is OK 。
2、我想可以先计算骨架的RMSD,RMSF（这些原子是一样的）。另外你突变后虽然有些残基变化了，你对所有原子的RMSD进行比较也是有意义的。
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2楼2012-08-17 16:39:51
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by leewz922 at 2012-08-17 16:39:51
1、我想先跑10~30ns，你可以先跑10ns,计算RMSD看看蛋白的结构变化是不是稳定了，AMBER7 is OK 。
2、我想可以先计算骨架的RMSD,RMSF（这些原子是一样的）。另外你突变后虽然有些残基变化了，你对所有原子的RMSD进行 ...

还想到一个问题，如果我仅有一个模建的构象，是不是这些数据就没有说服力了呢，那也很难发出来SCI了
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3楼2012-08-17 16:56:07
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leewz922

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 很有道理 关键是后续数据分析 2012-08-19 12:09:54
我觉得模建后分子模拟分析的数据是有说服力的，对结果分析和解释的到位，而且与你的实验结果结合能讲成一个完整的故事，我想SCI不难。个人意见
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4楼2012-08-18 09:14:06
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by leewz922 at 2012-08-18 09:14:06
我觉得模建后分子模拟分析的数据是有说服力的，对结果分析和解释的到位，而且与你的实验结果结合能讲成一个完整的故事，我想SCI不难。个人意见

这位仁兄可有杂志推荐，我个人是为了文章而文章的，不要笑话才是
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5楼2012-08-18 09:38:28
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leewz922

金虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-08-19 12:10:16
这方面文章我也知道的不多。
JPCB(The Journal of Physical Chemistry B)上有不少计算和实验结合的文章，我不知道有没有和你的思路一样的，（因为大多涉及计算的文章都会有热力学量，自由能什么的计算），你可以自己搜下看看。
我看，还有许多往Journal of Molecular Modeling ，貌似可以用来灌水。
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6楼2012-08-18 10:44:09
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by leewz922 at 2012-08-18 10:44:09
这方面文章我也知道的不多。
JPCB(The Journal of Physical Chemistry B)上有不少计算和实验结合的文章，我不知道有没有和你的思路一样的，（因为大多涉及计算的文章都会有热力学量，自由能什么的计算），你可以自 ...

灌灌水毕业
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7楼2012-08-18 10:56:01
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-08-21 11:04:04
现在纯动力学的已经不好发文章了
像这样只算RMSF，RMSD等，没有有意义的大规模构象变化，没有生物实验支持，比较难发高档次文章。JPCB感觉玄。。量化还稍微好点，理论更靠谱一些
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8楼2012-08-20 12:48:43
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-08-20 12:48:43
现在纯动力学的已经不好发文章了
像这样只算RMSF，RMSD等，没有有意义的大规模构象变化，没有生物实验支持，比较难发高档次文章。JPCB感觉玄。。量化还稍微好点，理论更靠谱一些

其实我突变已经成功，但是目前木有好的解释方法，只有寻求MD了
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9楼2012-08-20 18:43:30
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-08-21 11:04:40
引用回帖:
9楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2012-08-20 18:43:30
其实我突变已经成功，但是目前木有好的解释方法，只有寻求MD了...

哦～这样啊。。有生物实验就不错了，如果MD在能解释可以发不错的文章了

一般就看突变的稳定性什么 RMSF还是比较好的

另外想看突变对运动模式的影响，对动力学轨迹做个PCA也是不错的手段
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10楼2012-08-20 22:25:37
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