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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 新手求助有关RMSD,RMSF等计算
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-08-20 22:25:37
哦～这样啊。。有生物实验就不错了，如果MD在能解释可以发不错的文章了

一般就看突变的稳定性什么 RMSF还是比较好的

另外想看突变对运动模式的影响，对动力学轨迹做个PCA也是不错的手段...

您老眼毒，做的是稳定性，所以RMSD,RMSF,SASA都比较合适来考察这个大分子结构。多问一句，不同软件跑的MD都可信么，投文章会不会有一些要注意的地方
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11楼2012-08-21 08:05:24
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-08-21 11:06:17
引用回帖:
11楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2012-08-21 08:05:24
您老眼毒，做的是稳定性，所以RMSD,RMSF,SASA都比较合适来考察这个大分子结构。多问一句，不同软件跑的MD都可信么，投文章会不会有一些要注意的地方...

一般也就文献中常用的那么几种了
Amber，Gromacs，NAMD，Charmm，这些还是公认的比较可靠的。
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12楼2012-08-21 08:59:02
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相约南药

木虫 (正式写手)

药物上将

【答案】应助回帖

★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-11-17 15:55:24
一般稳定的体系 跑个5ns就完全可以，然后计算下rmsd等就可以了
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为了理想不停的奋斗吧
13楼2012-11-16 11:18:21
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