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lmzxcom1金虫 (著名写手)
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[求助]
新手求助有关RMSD,RMSF等计算
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新手....新的一塌糊涂 手里有一个原始酶，我定点突变之后，很多性质改变了 现在需要分析原因！ 第一步，我通过sybyl模建了2个蛋白结构的pdb，打分还行，58 第二部，我考虑计算两个结构的RMSD,RMSF,SASA等，用来评估整体的性质和一些关键区域的性质 问题来了，怎么获得RMSD,RMSF,SASA？ 看了一些帖子，先要跑一个MD，然后计算这些值。有2个问题： 1、跑多少ns合适？用什么软件跑，目前有amber7 2、计算RMSD,RMSF,SASA的时候，需要计算全部原子，因为两个蛋白质结构的差异之后一两个侧链不同 谢谢各位 |
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