| 查看: 2991 | 回复: 12 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
lmzxcom1金虫 (著名写手)
|
[求助]
新手求助有关RMSD,RMSF等计算
|
|
|
新手....新的一塌糊涂 手里有一个原始酶，我定点突变之后，很多性质改变了 现在需要分析原因！ 第一步，我通过sybyl模建了2个蛋白结构的pdb，打分还行，58 第二部，我考虑计算两个结构的RMSD,RMSF,SASA等，用来评估整体的性质和一些关键区域的性质 问题来了，怎么获得RMSD,RMSF,SASA？ 看了一些帖子，先要跑一个MD，然后计算这些值。有2个问题： 1、跑多少ns合适？用什么软件跑，目前有amber7 2、计算RMSD,RMSF,SASA的时候，需要计算全部原子，因为两个蛋白质结构的差异之后一两个侧链不同 谢谢各位 |
回复此楼» 猜你喜欢
302求调剂
已经有6人回复
-
11408 一志愿西电，277分求调剂
已经有3人回复
-
化学工程321分求调剂
已经有13人回复
-
341求调剂
已经有5人回复
-
材料与化工304求B区调剂
已经有7人回复
-
0703化学336分求调剂
已经有4人回复
-
[复试调剂]西南科技大学国防/材料导师推荐
已经有6人回复
-
211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习
已经有4人回复
-
材料专硕326求调剂
已经有5人回复
-
东南大学364求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Co的计算问题！新手求助
已经有10人回复
- 新手求助：gaussian03里怎么进行势能面扫描计算！
已经有10人回复
- 【求助】关于RMSD的计算
已经有4人回复
- 【求助】新手求助vasp计算氧分子结合能的问题
已经有12人回复
- 【求助】Dmol3中有关频率计算的疑问
已经有4人回复
- 【求助】请各位大侠看看这个gaussian为啥不能运行
已经有17人回复
- 【求助】溴酚蓝在跑电泳时会一直再样品前面吗
已经有9人回复
- 【求助】N2吸脱附曲线中如何分别计算微孔面积和介孔面积呢
已经有17人回复
- 【求助】理论与计算化学新手求教
已经有13人回复
- 【求助】求助有关马来酸酐接枝、纯化、接枝率计算等问题
已经有14人回复
lmzxcom1
金虫 (著名写手)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 贵宾: 0.016
- 金币: 3353.8
- 散金: 1292
- 红花: 6
- 帖子: 1556
- 在线: 379小时
- 虫号: 584857
- 注册: 2008-08-01
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
3楼2012-08-17 16:56:07
leewz922
金虫 (小有名气)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 1141.8
- 散金: 462
- 红花: 1
- 帖子: 101
- 在线: 89.8小时
- 虫号: 609327
- 注册: 2008-09-22
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2012-08-17 16:39:51
leewz922
金虫 (小有名气)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 1141.8
- 散金: 462
- 红花: 1
- 帖子: 101
- 在线: 89.8小时
- 虫号: 609327
- 注册: 2008-09-22
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2012-08-18 09:14:06
lmzxcom1
金虫 (著名写手)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 贵宾: 0.016
- 金币: 3353.8
- 散金: 1292
- 红花: 6
- 帖子: 1556
- 在线: 379小时
- 虫号: 584857
- 注册: 2008-08-01
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
5楼2012-08-18 09:38:28
