应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 新手求助有关RMSD,RMSF等计算
51/1返回列表
查看: 2988  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lmzxcom1

金虫 (著名写手)

[求助] 新手求助有关RMSD,RMSF等计算

新手....新的一塌糊涂
手里有一个原始酶，我定点突变之后，很多性质改变了
现在需要分析原因！
第一步，我通过sybyl模建了2个蛋白结构的pdb，打分还行，58
第二部，我考虑计算两个结构的RMSD,RMSF,SASA等，用来评估整体的性质和一些关键区域的性质
问题来了，怎么获得RMSD,RMSF,SASA？
看了一些帖子，先要跑一个MD，然后计算这些值。有2个问题：
1、跑多少ns合适？用什么软件跑，目前有amber7
2、计算RMSD,RMSF,SASA的时候，需要计算全部原子，因为两个蛋白质结构的差异之后一两个侧链不同
谢谢各位
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-08-17 15:22:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmzxcom1

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by leewz922 at 2012-08-17 16:39:51
1、我想先跑10~30ns，你可以先跑10ns,计算RMSD看看蛋白的结构变化是不是稳定了，AMBER7 is OK 。
2、我想可以先计算骨架的RMSD,RMSF（这些原子是一样的）。另外你突变后虽然有些残基变化了，你对所有原子的RMSD进行 ...

还想到一个问题，如果我仅有一个模建的构象，是不是这些数据就没有说服力了呢，那也很难发出来SCI了
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-17 16:56:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

leewz922

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 鼓励交流 2012-08-17 16:41:20
1、我想先跑10~30ns，你可以先跑10ns,计算RMSD看看蛋白的结构变化是不是稳定了，AMBER7 is OK 。
2、我想可以先计算骨架的RMSD,RMSF（这些原子是一样的）。另外你突变后虽然有些残基变化了，你对所有原子的RMSD进行比较也是有意义的。
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-17 16:39:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leewz922

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 很有道理 关键是后续数据分析 2012-08-19 12:09:54
我觉得模建后分子模拟分析的数据是有说服力的，对结果分析和解释的到位，而且与你的实验结果结合能讲成一个完整的故事，我想SCI不难。个人意见
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-18 09:14:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmzxcom1

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by leewz922 at 2012-08-18 09:14:06
我觉得模建后分子模拟分析的数据是有说服力的，对结果分析和解释的到位，而且与你的实验结果结合能讲成一个完整的故事，我想SCI不难。个人意见

这位仁兄可有杂志推荐，我个人是为了文章而文章的，不要笑话才是
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-18 09:38:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学调剂 +6 妮妮ninicgb 2026-03-15 9/450 2026-03-16 16:40 by houyaoxu
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:05 by njzyff
[考研] 309求调剂 +5 花与叶@ 2026-03-10 5/250 2026-03-16 14:13 by 哦哦123
[教师之家] 焦虑 +7 水冰月月野兔 2026-03-13 9/450 2026-03-16 10:00 by Quakerbird
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 311求调剂 +5 牛乳糖的卡卡 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:05 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕288分求调剂 一志愿211 +4 在家想你 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:49 by JourneyLucky
[考研] 求调剂（材料与化工327） +4 爱吃香菜啦 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:11 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂 +5 隔壁陈先生 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:03 by 星空星月
[考研] 四川大学085601材料工程专硕 初试294求调剂 +4 祝我们好在冬天 2026-03-11 4/200 2026-03-13 21:39 by peike
[考研] 329求调剂 +3 miaodesi 2026-03-12 4/200 2026-03-13 20:53 by 18595523086
[考研] 0856化学工程280分求调剂 +4 shenzxsn 2026-03-11 4/200 2026-03-13 11:55 by ymwdoctor
[考研] 化工学硕306求调剂 +9 42838695 2026-03-12 9/450 2026-03-13 10:16 by houyaoxu
[考研] 270求调剂 085600材料与化工专硕 +3 YXCT 2026-03-11 3/150 2026-03-13 10:13 by houyaoxu
[基金申请] 提交后的基金本子，已让学校撤回了，可否换口子提交 +3 dut_pfx 2026-03-10 3/150 2026-03-11 08:38 by kudofaye
[考博] 26申博求助 +3 跳跃饼干 2026-03-10 4/200 2026-03-10 21:15 by Tntcnn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭