应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 新手求助有关RMSD,RMSF等计算
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
131/2返回列表12下一页
查看: 3051  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lmzxcom1

金虫 (著名写手)

[求助] 新手求助有关RMSD,RMSF等计算

新手....新的一塌糊涂
手里有一个原始酶，我定点突变之后，很多性质改变了
现在需要分析原因！
第一步，我通过sybyl模建了2个蛋白结构的pdb，打分还行，58
第二部，我考虑计算两个结构的RMSD,RMSF,SASA等，用来评估整体的性质和一些关键区域的性质
问题来了，怎么获得RMSD,RMSF,SASA？
看了一些帖子，先要跑一个MD，然后计算这些值。有2个问题：
1、跑多少ns合适？用什么软件跑，目前有amber7
2、计算RMSD,RMSF,SASA的时候，需要计算全部原子，因为两个蛋白质结构的差异之后一两个侧链不同
谢谢各位
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-08-17 15:22:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leewz922

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 鼓励交流 2012-08-17 16:41:20
1、我想先跑10~30ns，你可以先跑10ns,计算RMSD看看蛋白的结构变化是不是稳定了，AMBER7 is OK 。
2、我想可以先计算骨架的RMSD,RMSF（这些原子是一样的）。另外你突变后虽然有些残基变化了，你对所有原子的RMSD进行比较也是有意义的。
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-17 16:39:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmzxcom1

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by leewz922 at 2012-08-17 16:39:51
1、我想先跑10~30ns，你可以先跑10ns,计算RMSD看看蛋白的结构变化是不是稳定了，AMBER7 is OK 。
2、我想可以先计算骨架的RMSD,RMSF（这些原子是一样的）。另外你突变后虽然有些残基变化了，你对所有原子的RMSD进行 ...

还想到一个问题，如果我仅有一个模建的构象，是不是这些数据就没有说服力了呢，那也很难发出来SCI了
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-17 16:56:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leewz922

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 很有道理 关键是后续数据分析 2012-08-19 12:09:54
我觉得模建后分子模拟分析的数据是有说服力的，对结果分析和解释的到位，而且与你的实验结果结合能讲成一个完整的故事，我想SCI不难。个人意见
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-18 09:14:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmzxcom1

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by leewz922 at 2012-08-18 09:14:06
我觉得模建后分子模拟分析的数据是有说服力的，对结果分析和解释的到位，而且与你的实验结果结合能讲成一个完整的故事，我想SCI不难。个人意见

这位仁兄可有杂志推荐，我个人是为了文章而文章的，不要笑话才是
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-18 09:38:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leewz922

金虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-08-19 12:10:16
这方面文章我也知道的不多。
JPCB(The Journal of Physical Chemistry B)上有不少计算和实验结合的文章，我不知道有没有和你的思路一样的，（因为大多涉及计算的文章都会有热力学量，自由能什么的计算），你可以自己搜下看看。
我看，还有许多往Journal of Molecular Modeling ，貌似可以用来灌水。
赞一下 回复此楼
6楼2012-08-18 10:44:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmzxcom1

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by leewz922 at 2012-08-18 10:44:09
这方面文章我也知道的不多。
JPCB(The Journal of Physical Chemistry B)上有不少计算和实验结合的文章，我不知道有没有和你的思路一样的，（因为大多涉及计算的文章都会有热力学量，自由能什么的计算），你可以自 ...

灌灌水毕业
回复此楼
7楼2012-08-18 10:56:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lujunyan1118

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-08-21 11:04:04
现在纯动力学的已经不好发文章了
像这样只算RMSF，RMSD等，没有有意义的大规模构象变化，没有生物实验支持，比较难发高档次文章。JPCB感觉玄。。量化还稍微好点，理论更靠谱一些
赞一下 回复此楼
8楼2012-08-20 12:48:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmzxcom1

金虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-08-20 12:48:43
现在纯动力学的已经不好发文章了
像这样只算RMSF，RMSD等，没有有意义的大规模构象变化，没有生物实验支持，比较难发高档次文章。JPCB感觉玄。。量化还稍微好点，理论更靠谱一些

其实我突变已经成功，但是目前木有好的解释方法，只有寻求MD了
赞一下 回复此楼
9楼2012-08-20 18:43:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lujunyan1118

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-08-21 11:04:40
引用回帖:
9楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2012-08-20 18:43:30
其实我突变已经成功，但是目前木有好的解释方法，只有寻求MD了...

哦～这样啊。。有生物实验就不错了，如果MD在能解释可以发不错的文章了

一般就看突变的稳定性什么 RMSF还是比较好的

另外想看突变对运动模式的影响，对动力学轨迹做个PCA也是不错的手段
赞一下 回复此楼
10楼2012-08-20 22:25:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lmzxcom1 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 347材料专硕求调剂 +15 zj8215216 2026-04-06 15/750 2026-04-08 00:22 by JourneyLucky
[考研] 388求调剂 +6 四川王涛 2026-04-07 8/400 2026-04-08 00:17 by JourneyLucky
[考研] 288环境专硕,求调材料方向 +35 lllllos 2026-04-04 39/1950 2026-04-07 23:24 by 一只好果子?
[考研] 353求调剂 +4 晴空万里air 2026-04-07 4/200 2026-04-07 23:24 by JourneyLucky
[考研] 化学308分求调剂 +14 你好明天你好 2026-04-07 16/800 2026-04-07 23:09 by JourneyLucky
[考研] 材料工程322 +14 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 15/750 2026-04-07 22:51 by 来看流星雨10
[考研] 334分机械专硕求调剂 +3 蛋花紫菜汤 2026-04-03 3/150 2026-04-07 14:49 by 逍遥cocoa
[考研] 080500求调剂 +12 黄宇博 2026-04-06 12/600 2026-04-07 12:41 by upczlm1989
[考研] 285求调剂 +16 哦呦呼o 2026-04-04 16/800 2026-04-07 12:31 by 1018329917
[考研] 265求调剂 +17 小木虫085600 2026-04-06 19/950 2026-04-07 12:04 by Sammy2
[考研] 一志愿太原理工大学计算机技术专硕348，求调剂指导 +3 nexious 2026-04-05 3/150 2026-04-07 08:19 by jp9609
[考研] 第一志愿东南大学物理313，有科研竞赛获奖经历，希望物理复试调剂 +3 马内橙 2026-04-05 3/150 2026-04-06 10:32 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿9材料学硕297已过六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-04-04 12/600 2026-04-05 19:04 by 蓝云思雨
[考研] 324求调剂 +9 想上学求调 2026-04-03 9/450 2026-04-04 23:57 by 果冻大王
[考研] 求生物学学硕调剂——364分 +7 云朵遛弯指南 2026-04-04 7/350 2026-04-04 22:49 by zhyzzh
[考研] 一志愿华北电力大学（北京），材料科学与工程学硕265，求调剂 +11 yelck 2026-04-03 12/600 2026-04-04 19:52 by dongzh2009
[考研] 319求调剂 +4 星星不眨眼喽 2026-04-03 4/200 2026-04-04 16:25 by 中飞院空管学院�
[考研] 求调剂 +4 压力??大 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:36 by 啵啵啵0119
[考研] 材料调剂 +4 一样YWY 2026-04-03 4/200 2026-04-03 09:48 by 蓝云思雨
[考研] 279求调剂 +5 傅文秋 2026-04-02 5/250 2026-04-02 18:10 by 笔落锦州
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭