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liuyu_sdili

木虫 (正式写手)

[求助] 求助:一端为黏性末端一端为平末端的克隆 已有1人参与

需要做一个一端为黏性末端一端为平末端的克隆,求教下面几个问题?
1. 如果我用pfu扩增的话,那么是不是可以使用pfu扩增形成的平末端而不用加产生平末端的酶切位点?
2. 我使用的两个限制酶都购自Takara,一个是SnaB I,另外一个是NotI,请问这两个酶使用时需要注意什么?
3.酶是Fermentas的T4连接酶,说明书上是22℃反应,但是很多人用16℃跟4℃,请问那个效果好些?需要连接多长时间?像我这种情况是不是需要用平末端的连接条件(加入PEG)?
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aofeng860308

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liuyu_sdili: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢,过来人说话就是不一样~~~ 2012-08-18 20:16:11
小丹木木: 金币+3, 鼓励积极应助,解答问题 2012-08-20 13:43:26
前两个月刚做过一平一粘的连接,和楼主分享一下。
1、pfu出来的就是平末端,所以个人觉得不需要在加入酶切位点。
2、takara上有关于两种酶的buffer选择问题,不过我没有找到SnaBI和NotI双酶切的相关资料。不过这两个酶切都需要加BSA的。
3、fermentas的T4 ligase22℃连接效果很好,我做的时候是使用22℃2个小时做的一平一粘的连接,加入PEG了的。再不行可以4℃过夜,再22℃连接2小时试试。
8楼2012-08-18 19:17:39
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liuyu_sdili

木虫 (正式写手)

补充一个问题:这种情况需要载体去磷酸化吗?
2楼2012-08-16 18:29:25
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mitocam

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+5, 鼓励积极应助,解答问题 2012-08-17 13:48:19
liuyu_sdili: 金币+4, ★★★很有帮助, 谢谢 交流经验 2012-08-17 15:35:16
需要做一个一端为黏性末端一端为平末端的克隆,求教下面几个问题?
1. 如果我用pfu扩增的话,那么是不是可以使用pfu扩增形成的平末端而不用加产生平末端的酶切位点?

理论上可以,但不知DNA聚合酶扩增时会不会丢失一两个碱基。可以试一试。

2. 我使用的两个限制酶都购自Takara,一个是SnaB I,另外一个是NotI,请问这两个酶使用时需要注意什么?
没用过SnaBI,NotI是常用酶,按照说明书就行了。 用对buffer能否同时使用两个酶,他们的实用温度一样不?

3.酶是Fermentas的T4连接酶,说明书上是22℃反应,但是很多人用16℃跟4℃,请问那个效果好些?需要连接多长时间?像我这种情况是不是需要用平末端的连接条件(加入PEG)?

我用NEB的T4,通常25倍稀释在水中(短时间)用于连接,通常室温 23C过夜,如果着急,3-4小时也可以。我一直都有用PEG。

这种情况需要载体去磷酸化吗?

不用。
3楼2012-08-16 21:26:10
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qiaoxianying

银虫 (初入文坛)

T4连接酶一般的连接温度是13度到16度过夜,我经常做
4楼2012-08-17 07:11:40
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