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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 设计引物注意事项？
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SeaGreen2012

新虫 (初入文坛)

[求助] 设计引物注意事项？

在分子生物学研究中常常需要通过PCR反应扩增特定的基因序列，假如你需要从已有的某细胞的cDNA中扩增某特定基因X（序列长度约1000bp),用于进一步构建重组表达质粒，请问在设计PCR反应的上下游引物时需注意哪些问题？
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1楼 2012-08-15 10:44:14
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woshizhufeng

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主最好看一下，生物信息学的书，上面有。好好看一下再设计。我用的是Primer 5 设计的引物。
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7楼2012-08-16 16:38:48
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小河弯弯07

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-17 13:42:06
用primer premier 5 软件设计就可以了
看打分，Hairpin and False Priming最好是None，Dimer and Cross Dimer实线不超过5条，TM尽量高，相差不超过2度，再综合GC%40%-55%就差不多了
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2楼2012-08-15 16:33:14
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piaoyunokok

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
嗯，楼上回答很是全啊，呵呵。如果再加酶切位点的话，注意加保护碱基就可以了
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3楼2012-08-15 21:36:34
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fjtony163

版主 (文坛精英)

米米

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-17 13:42:24
无非就是不要把酶切位点弄进去了，上下游引物温度在5度之间，如果有overlap的话不要太多。。。不过我们一般是用Gibson的引物设计。
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4楼2012-08-16 07:07:57
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