| 查看: 1434 | 回复: 8 | ||
[求助]
用Autodock做药物与BSA的对接，有点问题请教
|
|
用Autodock做药物与BSA的对接，对接的能量图如下，对了三个不同坐标的，大虾们看看哪个是最好的，最能用来用到文章中的，最后一个为什么只有一个能量组的，对接100次全在一个构象，是好还是不好。而第二个只有两个构象高，是好还是不好，急需要用啊，大虾们帮忙看下哦 PS：格点是60*60*60然后坐标是自己根据文献中活性位点自己设的，计算次数为100次，是遗传算法 图1：  图2：  图3：  [ Last edited by 晓晓瑶 on 2012-8-14 at 20:31 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
290求调剂
已经有7人回复
-
电气专硕320求调剂
已经有5人回复
-
一志愿西北工业大学289 085602
已经有33人回复
-
一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂
已经有24人回复
-
268分085602化学工程调剂
已经有28人回复
-
化学工程调剂289
已经有50人回复
-
求调剂，262机械专硕
已经有8人回复
-
305求调剂
已经有6人回复
-
327求调剂
已经有5人回复
-
347求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Autodock对接结果可信度讨论
已经有8人回复
- AutoDock参数设置问题
已经有6人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- Autodock对接构象有问题，请教
已经有7人回复
- 【求助】请教Autodock结果分析
已经有8人回复
- 【求助】Autodock分析请教
已经有17人回复
- 【讨论】autodock运行时间过长
已经有12人回复
- 【求助】关于Autodock中Grid中的问题
已经有9人回复
- 【原创】AutoDock使用笔记总结－原创始发
已经有32人回复
2楼2012-08-14 20:32:19
3楼2012-08-14 20:37:58
4楼2012-08-15 09:48:18
5楼2012-08-15 10:01:41
6楼2012-08-15 15:20:37
7楼2012-08-16 13:38:04
lujunyan1118
金虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 1306.9
- 帖子: 73
- 在线: 20.4小时
- 虫号: 871655
- 注册: 2009-10-14
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2 2012-08-21 19:22:01
晓晓瑶: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-08-24 13:55:17
chaizhm: 金币+2 2012-08-21 19:22:01
晓晓瑶: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-08-24 13:55:17
|
一般来说越集中越好。但是你最后一个结果确实有点诡异 一般来说，不光要看能量相似的conformation，主要还是要看对接的对中构象中，相似的构象的数（也就是autodock结果里面的cluster，cluster里面构象越多，排名越靠前的越好） 其次就是要根据经验和眼睛看得了。。个人认为autodock4和3在对接效果上不是很好，你可以试试autodock vina |
8楼2012-08-20 12:24:34
9楼2012-08-24 13:55:27
5
