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晓晓瑶

铜虫 (小有名气)

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[求助] 用Autodock做药物与BSA的对接，有点问题请教

用Autodock做药物与BSA的对接，对接的能量图如下，对了三个不同坐标的，大虾们看看哪个是最好的，最能用来用到文章中的，最后一个为什么只有一个能量组的，对接100次全在一个构象，是好还是不好。而第二个只有两个构象高，是好还是不好，急需要用啊，大虾们帮忙看下哦

PS：格点是60*60*60然后坐标是自己根据文献中活性位点自己设的，计算次数为100次，是遗传算法
图1：

图2：

图3：

[ Last edited by 晓晓瑶 on 2012-8-14 at 20:31 ]

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1楼 2012-08-14 20:30:12

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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2 2012-08-21 19:22:01
晓晓瑶: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-08-24 13:55:17

一般来说越集中越好。但是你最后一个结果确实有点诡异

一般来说，不光要看能量相似的conformation，主要还是要看对接的对中构象中，相似的构象的数（也就是autodock结果里面的cluster，cluster里面构象越多，排名越靠前的越好）

其次就是要根据经验和眼睛看得了。。个人认为autodock4和3在对接效果上不是很好，你可以试试autodock vina