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晓晓瑶

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[求助] 用Autodock做药物与BSA的对接，有点问题请教

用Autodock做药物与BSA的对接，对接的能量图如下，对了三个不同坐标的，大虾们看看哪个是最好的，最能用来用到文章中的，最后一个为什么只有一个能量组的，对接100次全在一个构象，是好还是不好。而第二个只有两个构象高，是好还是不好，急需要用啊，大虾们帮忙看下哦

PS：格点是60*60*60然后坐标是自己根据文献中活性位点自己设的，计算次数为100次，是遗传算法
图1：

图2：

图3：

[ Last edited by 晓晓瑶 on 2012-8-14 at 20:31 ]

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1楼 2012-08-14 20:30:12

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晓晓瑶

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引用回帖:

8楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-08-20 12:24:34
一般来说越集中越好。但是你最后一个结果确实有点诡异

一般来说，不光要看能量相似的conformation，主要还是要看对接的对中构象中，相似的构象的数（也就是autodock结果里面的cluster，cluster里面构象越多，排名 ...

谢谢哦

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