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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助，怎么计算AMBER轨迹的SASA？
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 求助，怎么计算AMBER轨迹的SASA？

求助，用AMBER跑完了动力学，想计算下蛋白的SASA变化，请问怎么计算？
命令和in文件怎么写啊？
谢谢
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1楼 2012-07-18 09:49:54
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zmz148002989

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-19 13:46:18
VMD中 可以用measure SASA  命令直接计算。脚本的其他部分需要根据你的体系自己添加。 核心部分就是measure SASA语句
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4楼2012-07-19 12:19:11
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zmz148002989

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-18 20:52:14
cfmzxf84: 金币+10, ★有帮助, 请问能给个TCL脚本吗 ？谢谢 2012-07-18 22:05:45
VMD 载入轨迹，用TCL 脚本命令就可以计算
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2楼2012-07-18 20:48:36
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zmz148002989 at 2012-07-18 20:48:36
VMD 载入轨迹，用TCL 脚本命令就可以计算

请问能给个TCL脚本吗 ？谢谢
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3楼2012-07-18 22:05:53
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