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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 求助,怎么计算AMBER轨迹的SASA?

求助,用AMBER跑完了动力学,想计算下蛋白的SASA变化,请问怎么计算?
命令和in文件怎么写啊?
谢谢
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zmz148002989 at 2012-07-18 20:48:36
VMD 载入轨迹,用TCL 脚本命令就可以计算

请问能给个TCL脚本吗 ?谢谢
3楼2012-07-18 22:05:53
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zmz148002989

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-18 20:52:14
cfmzxf84: 金币+10, 有帮助, 请问能给个TCL脚本吗 ?谢谢 2012-07-18 22:05:45
VMD 载入轨迹,用TCL 脚本命令就可以计算
2楼2012-07-18 20:48:36
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zmz148002989

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-19 13:46:18
VMD中 可以用measure SASA  命令直接计算。脚本的其他部分需要根据你的体系自己添加。 核心部分就是measure SASA语句
4楼2012-07-19 12:19:11
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