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waldenpond

金虫 (著名写手)

[求助] PCR出现不能解释的条带

我用细菌通用引物跑PCR,好几次都遇见这样的问题:
1.在目的条带上面或者下面出现其它条带,无法解释。
2.dd水(空白对照,PCR模板为dd水)电泳后也出现条带。
*PCR的引物和条件都是从一篇外文文章中参考来的,而且我们课题组之前也用这些引物和条件跑PCR,结果都可以。
*因为我做的是细菌,所以细菌污染特别容易,这也导致dd水组很容易污染,所以我用0.22um的滤过膜将dd水滤过除菌,但是空白对照组还是出现条带。我之前也怀疑实际污染,但是试剂公司讲他们已经对PCR试剂进行了无菌处理。
大家给分析一下是什么原因,怎样改进要好一些,谢谢!

(图片是截取的,不是很清楚,见谅哈!)

[ Last edited by waldenpond on 2012-7-3 at 13:01 ]
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farawaylcr

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-07-07 13:48:22
DDH2O能扩增,说明水有污染。
你的目标带上面分子量稍大的带是你的目标带高级结构,或者循环数太多,尤其是在最后几个循环里当PCR MIX里任何一种成分不足时,PCR就形成空转,因而你的PCR产物变性复性过程中,双链或许有少许几个碱基的滑动结合造成的。在SSR中经常出现这种情况。
9楼2012-07-06 16:13:45
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Marado

金虫 (正式写手)

Dreamer

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 呵呵,很多人HPLC都用哇哈哈跑的啊 2012-07-03 15:34:45
waldenpond: 金币+1, 有帮助 2012-07-16 09:23:07
水污染问题给你一个窍门,很好用,娃哈哈纯净水绝对不会出现水污染的问题,当然其它试剂的污染就要靠你们自己去克服了,反正我们实验室都是用的娃哈哈纯净水,16s表明,很干净呐!
Look,ifyouhadoneshot,oroneopportunity,toseizeeverythingyoueverwanted,inonemoment.Wouldyoucaptureit,orjustletitslip?
2楼2012-07-03 13:18:05
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wqj1988926

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
waldenpond: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-07-16 09:23:21
会不会试剂有污染,我以前做的时候,发现taq酶污染的,楼主看看是不是这个问题
风雪夜归人
3楼2012-07-03 16:51:26
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雅典娜1008

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
还有一种可能就是,会不会是电泳槽缓冲液长时间没换了?
PS:据说娃哈哈纯净水杭州产的最好啊~
平静、淡然、感恩
4楼2012-07-03 17:08:38
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