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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » 请教个关于分子模拟或者说理论计算的问题
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tooksea

木虫 (正式写手)

[交流] 请教个关于分子模拟或者说理论计算的问题


各位，今天听了一个关于分子动力学模拟的讲座。因为自己之前并不了解这方面的知识，所以后面有问题也没敢提出来，怕太基础了，闹笑话，也怕问题本身就是错的。
是这样的，有哪位帮我解答一下吗？
（1）、分子反应不同的理论channel是怎么进行确定的？
（2）、反应从头到尾应该都对每个原子进行轨迹的track，教授说空间上靠近的两个原子有可能就是化合物。我想问的是，反应中这种跟踪原子是怎么实现的？那么是不是正是因为这个原因，量子力学计算或者分子力学模拟能模拟的原子分子数量就会受到限制。
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1楼2012-06-12 20:59:09
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scnlong

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
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xueht987: 金币+3, 谢谢回帖，鼓励交流！ 2012-06-15 09:10:47
不过吧，用搜索过渡态找路径那个也有问题，因为计算都没有温度项，假定是在0K下计算得到的结果，这也算有问题的，究竟是不是实际情况天知道。至少跑动力学是在一定温度下跑的，可就是有时候因为不是准确计算电子能量，所以精度上可能会低，还有就是一般的反应都是rare event的，动力学模拟能否跳出势阱，跑个rare event的轨迹出来，这个就又难了。。。当然也有人出主意让它用各种办法能蹦出来。。。总是，设置不同的初始构象跑个几百条轨迹也是准不准天知道。

刚才最后说的准经典轨线和反应散射主要是为了体现量子效应。至于温度，因为计算就是单独针对这一几原子的体系的，碰撞能都是设定好的，不存在大量的同类分子原子与之相互作用产生统计的温度效应问题。
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8楼2012-06-15 02:09:22
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lfzlpd

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
tooksea: 金币+1 2012-06-14 22:14:31
这问题，没看明白呀，你确定没有错别字？
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2楼2012-06-13 01:02:15
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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fzx2008: 金币+5, 谢谢指教 2012-06-13 12:45:00
tooksea: 金币+5 2012-06-14 22:14:41
1. 分子反应的不同channel一般不是通过分子动力学去找，因为分子动力学模拟有随机性，又不能无限长时间模拟，因此很可能在模拟的过程中并不能找到不同的反应channel。这个问题一般通过量子化学搜索过渡态去寻找。就是说先从理论上分析可能的channel，然后沿着这些channel去计算不同反应坐标上的分子构型的能量。在局部最小点（反应初始态和终了态）分子能量对坐标的一阶导为0，二阶导大于0；如果是过渡态，则是局部最大点，必然一阶导为0，二阶导小于0；这样就能一次确定不同channel的初始态，终了态，和过渡态，从而画出分子反应反应势能面，得到反应热和反应能垒；一般这样的量子化学是在对气相中一个或多个分子进行计算的；如果要考虑溶剂中的反应，则有多种方法考虑溶剂化效应，可以是隐式的，可以是显式的。有的时候就把气象中确定的不同反应channel分别放到溶剂中去做分子动力学看溶剂对反应势能面的影响；

2. 跟踪原子很简单：分子动力学是一步一步跑的，每跑一步就记录下当前的所有原子的坐标位置。你记下当前原子的坐标以后，就根据原子周围的原子分布计算某个原子的受力，知道它受到的力以后，根据牛顿力学原理就能计算下一时间步该原子的位置。这样依次计算所有原子的下一步位置后，你就到了下一步了，然后再次依据当前的受力计算下一步。。。这就是分子动力学。原子组成分子很简单，因为如果两原子本来能成分子，则在动力学模拟中，两原子间就会有吸引力，因此总会在平衡键长的位置附近跑动。

因为要计算原子间的受力，因此，的确分子模拟能跑的原子数是有限的。分子力学动力学能跑几千到几万，量子化学动力学只能跑数百个原子。一个是因为电脑计算能力的限制，另外一个是因为在可行的时间内必须跑够一定的模拟长度，比如蛋白模拟要跑几个纳秒左右，因此体系不能太大，否则跑上几个月受不了啊。

[ Last edited by ChemiAndy on 2012-6-13 at 03:46 ]
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4楼2012-06-13 09:33:34
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tooksea

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lfzlpd at 2012-06-13 01:02:15
这问题，没看明白呀，你确定没有错别字？

确定没有错别字啊。
可能是因为我本身不是做这个的，所以在描述问题的时候语句不通顺。
简单一点说：
就是想问反应路径是根据什么确定的？
再者就是限制能够计算的原子数目的原因是不是在于计算方法本身的缺陷？
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5楼2012-06-14 22:30:58
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信心93楼
2012-06-13 07:04   回复  
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