| 查看: 2563 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
请教个关于分子模拟或者说理论计算的问题
|
|||
|
各位，今天听了一个关于分子动力学模拟的讲座。因为自己之前并不了解这方面的知识，所以后面有问题也没敢提出来，怕太基础了，闹笑话，也怕问题本身就是错的。 是这样的，有哪位帮我解答一下吗？ （1）、分子反应不同的理论channel是怎么进行确定的？ （2）、反应从头到尾应该都对每个原子进行轨迹的track，教授说空间上靠近的两个原子有可能就是化合物。我想问的是，反应中这种跟踪原子是怎么实现的？那么是不是正是因为这个原因，量子力学计算或者分子力学模拟能模拟的原子分子数量就会受到限制。 |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？
已经有20人回复
-
今天务委会开完了，明天出结果吗
已经有22人回复
-
在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。
已经有9人回复
-
明天应该可查了！？
已经有6人回复
-
有没有大神帮我看看基金代码
已经有10人回复
-
放榜前的不淡定
已经有19人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于Discover动力学计算的一个问题
已经有26人回复
- 关于小分子的结构问题
已经有6人回复
- 请教大家几个问题，人人有币币哦
已经有7人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【求助】有人用dl_poly计算过solvation free energy吗？请教几个问题。。
已经有10人回复
- 【讨论】请教大家几个问题，一直理解不透
已经有4人回复
- 【讨论】关于md中系统稳定的问题
已经有10人回复
- 【求助】求助一个关于chem 3D的问题
已经有9人回复
- 【求助】新手请教分子模拟问题
已经有27人回复
5楼2012-06-14 22:30:58
2楼2012-06-13 01:02:15
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+5, 谢谢指教 2012-06-13 12:45:00
tooksea: 金币+5 2012-06-14 22:14:41
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+5, 谢谢指教 2012-06-13 12:45:00
tooksea: 金币+5 2012-06-14 22:14:41
|
1. 分子反应的不同channel一般不是通过分子动力学去找，因为分子动力学模拟有随机性，又不能无限长时间模拟，因此很可能在模拟的过程中并不能找到不同的反应channel。这个问题一般通过量子化学搜索过渡态去寻找。就是说先从理论上分析可能的channel，然后沿着这些channel去计算不同反应坐标上的分子构型的能量。在局部最小点（反应初始态和终了态）分子能量对坐标的一阶导为0，二阶导大于0；如果是过渡态，则是局部最大点，必然一阶导为0，二阶导小于0；这样就能一次确定不同channel的初始态，终了态，和过渡态，从而画出分子反应反应势能面，得到反应热和反应能垒；一般这样的量子化学是在对气相中一个或多个分子进行计算的；如果要考虑溶剂中的反应，则有多种方法考虑溶剂化效应，可以是隐式的，可以是显式的。有的时候就把气象中确定的不同反应channel分别放到溶剂中去做分子动力学看溶剂对反应势能面的影响； 2. 跟踪原子很简单：分子动力学是一步一步跑的，每跑一步就记录下当前的所有原子的坐标位置。你记下当前原子的坐标以后，就根据原子周围的原子分布计算某个原子的受力，知道它受到的力以后，根据牛顿力学原理就能计算下一时间步该原子的位置。这样依次计算所有原子的下一步位置后，你就到了下一步了，然后再次依据当前的受力计算下一步。。。这就是分子动力学。原子组成分子很简单，因为如果两原子本来能成分子，则在动力学模拟中，两原子间就会有吸引力，因此总会在平衡键长的位置附近跑动。 因为要计算原子间的受力，因此，的确分子模拟能跑的原子数是有限的。分子力学动力学能跑几千到几万，量子化学动力学只能跑数百个原子。一个是因为电脑计算能力的限制，另外一个是因为在可行的时间内必须跑够一定的模拟长度，比如蛋白模拟要跑几个纳秒左右，因此体系不能太大，否则跑上几个月受不了啊。 [ Last edited by ChemiAndy on 2012-6-13 at 03:46 ] |
4楼2012-06-13 09:33:34
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
xueht987: 谢谢回帖，鼓励交流！ 2012-06-15 09:09:37
xueht987: 金币+2 2012-06-15 09:10:12
xueht987: 金币+3, 谢谢回帖，鼓励交流！ 2012-06-15 09:10:25
tooksea: 金币+3 2012-06-16 12:44:01
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
xueht987: 谢谢回帖，鼓励交流！ 2012-06-15 09:09:37
xueht987: 金币+2 2012-06-15 09:10:12
xueht987: 金币+3, 谢谢回帖，鼓励交流！ 2012-06-15 09:10:25
tooksea: 金币+3 2012-06-16 12:44:01
|
反应路径先是通过猜测，猜测原子或分子反应后到了哪几个可能的临近的位置。然后采用搜索过渡态的办法比较过渡态能量的高低。能量低就说明势垒小，就是可能的路径。需要满足的是选择的反应后的位置必须临近，最好是一步的基元反应（中间就有一个过渡态）。如果把距离选长了，就会造成一是难计算，二是可能会搜索错误。错误的原因是距离长了就意味着反应过程中有几个势垒，这样，一般的搜索（比如CINEB）就每次都找临近能量最低的位置进行下去。如果一个反应的两条可能的路径中，第一个路径的第一个势垒能量2eV，第二个势垒10eV，第二条路径第一个势垒2.2eV，第二个势垒1.8eV，那么反应大部分都是从第二条路径走的，但CINEB的方法就很难判断正确了。所以位置要选的临近，保证中间只有一个过渡态。这只是确定了路径，至于每个通道的比例，就是反应速率的问题了。其实还是很费劲的做起来，如果这个反应很复杂的话，如煤液化之类的，反应步超多，就很难说清楚了。上面的是对于有势垒的rare event反应。如果没有势垒，也都差不多，搜索一下才知道有没有势垒嘛。 当然，也有的做反应路径是通过跑动力学得到的。每次一条轨迹，跑个几十几百几千的也能得到统计结果，不过有人不认同它的准确和可靠性。 这是通常的反应，还有针对几个原子的小分子的，做精确势能面，可以跑准经典轨线或采用量子散射的办法。量子散射是最精确的，不过目前只能做到四原子的全维动力学结果。而且还得是C，H这类“轻”原子的，五六个原子或者更多的，一般会引入减维或者其他的一些近似。 |
6楼2012-06-15 01:38:56
简单回复
信心93楼
2012-06-13 07:04
回复
28