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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助namd的配置文件的修改，主要是如何添加约束
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 求助namd的配置文件的修改，主要是如何添加约束

我对蛋白进行动力学优化，先限制蛋白分子进行了200ps模拟，现在我取消限制，再进行动力学平衡，请问配制文件怎么写，哪些地方需要修改？
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1楼 2012-06-12 16:02:03
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
• conskfile
Acceptable Values: UNIX filename
Description: PDB file to use for force constants for harmonic constraints.

请问包含force constants 的pdb文件中的约束大小是自己添加上去的吗？是
通过文本编辑上去还是通过vmd呀？
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4楼2012-06-14 09:38:22
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查看全部 6 个回答

rtwen

新虫 (初入文坛)
同求，请高手帮忙！
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2楼2012-06-12 16:06:00
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 鼓励交流 2012-06-12 19:33:41
zhongshun: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-06-12 23:48:21
首先你知道你都做了哪些限制吗？

我自己对我做的模拟体系做了harmonic restraint限制，如下：
# external forces
constraints                     on
consKCol                        B
consRef                         ${sys}_restrain.pdb
consKFile                       ${sys}_restrain.pdb

后面的模拟我要取消限制，直接把这几行删掉就行了
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3楼2012-06-12 16:21:25
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whl2dxl

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-12 16:21:25
首先你知道你都做了哪些限制吗？

我自己对我做的模拟体系做了harmonic restraint限制，如下：
# external forces
constraints                     on
consKCol                        B
consRef           ...

您好，我刚刚接触NAMD，请问一下，consRef中的那个 ${sys}_restrain.pdb文件是怎么得到的？它跟跑动力学所用的文件有什么区别吗？能否给传一个例子 参考一下，感激不尽.
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5楼2012-07-11 18:54:37
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