| 查看: 2524 | 回复: 5 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
求助namd的配置文件的修改，主要是如何添加约束
|
||
| 我对蛋白进行动力学优化，先限制蛋白分子进行了200ps模拟，现在我取消限制，再进行动力学平衡，请问配制文件怎么写，哪些地方需要修改？ |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有8人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有8人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有15人回复
-
中青基了要发朋友圈吗？
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助——怎样分离多环芳烃和脂肪
已经有3人回复
- 投过中文核心期刊可否修改后再投外文期刊?
已经有11人回复
- 求助：修改稿中图片分辨率的问题
已经有18人回复
- 求助 弱氢键要不要写入CIF文件中
已经有3人回复
- 我们课题组招聘，MD 模拟方面——最好精于NAMD gromacs 做生物分子模拟
已经有55人回复
- 求助运动学中的“约束”
已经有3人回复
- 求助：模拟过程（或者：step_2）中，添加 Tie 约束，如何添加？
已经有5人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】LAMMPS、NAMD和CHARMM谁最适合生物大分子模拟？
已经有8人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
- 【求助】namd计算键能
已经有3人回复
- 【求助】procar文件如何提取dxy,dz2,dy等的LDOS
已经有6人回复
- 【求助】namd tutorial遇到问题
已经有10人回复
4楼2012-06-14 09:38:22
2楼2012-06-12 16:06:00
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 鼓励交流 2012-06-12 19:33:41
zhongshun: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-06-12 23:48:21
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 鼓励交流 2012-06-12 19:33:41
zhongshun: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-06-12 23:48:21
|
首先你知道你都做了哪些限制吗？ 我自己对我做的模拟体系做了harmonic restraint限制，如下： # external forces constraints on consKCol B consRef ${sys}_restrain.pdb consKFile ${sys}_restrain.pdb 后面的模拟我要取消限制，直接把这几行删掉就行了 |
3楼2012-06-12 16:21:25
whl2dxl
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2115.6
- 红花: 3
- 帖子: 151
- 在线: 115小时
- 虫号: 1267846
- 注册: 2011-04-17
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2012-07-11 18:54:37
投票:
10