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求助namd的配置文件的修改，主要是如何添加约束
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| 我对蛋白进行动力学优化，先限制蛋白分子进行了200ps模拟，现在我取消限制，再进行动力学平衡，请问配制文件怎么写，哪些地方需要修改？ |
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whl2dxl
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
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- 在线: 115小时
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- 专业: 理论和计算化学
5楼2012-07-11 18:54:37
2楼2012-06-12 16:06:00
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 鼓励交流 2012-06-12 19:33:41
zhongshun: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-06-12 23:48:21
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zhongshun: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-06-12 23:48:21
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首先你知道你都做了哪些限制吗？ 我自己对我做的模拟体系做了harmonic restraint限制，如下： # external forces constraints on consKCol B consRef ${sys}_restrain.pdb consKFile ${sys}_restrain.pdb 后面的模拟我要取消限制，直接把这几行删掉就行了 |
3楼2012-06-12 16:21:25
4楼2012-06-14 09:38:22