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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 融合pcr引物设计
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蝈蝈1988

木虫 (小有名气)

[求助] 融合pcr引物设计

哪位帮忙设计个融合引物啊？我最近设计的效果都很差啊，上下游目的融合片段是400bp左右就行。。。。麻烦各位了。纠结的很，都拖了好几个月了，木有进展啊。呜呜，拜托了。融合pcr的可行度是不是不高啊？
  上游   gaccg 4129921 cagcctcatc aaaattcgtt gaatccaaaa ggctatacat cttccgacgt tcagctctaa  4129981 tatctgccac gggtttctca tgcagacgtt gctttttcac taaatcccat atctgctggc  4130041 gttgctgctc tgttaagctg actccagcga agatacaact atagttatag ttacgttcat  4130101 cattcaggca ataactaacg ttattcttat taccatatgg catacaatat tgagagaagt  4130161 catccgcaat aacattatca gtaccagcag ttccagctaa agcatcggtt gccccaagaa  4130221 caaacattga cgctaaagcc aagattgcta tgttacgcat caaataattc ctcgctttct  4130281 cgaacagtac tattcgatgt cagtgcggat cactataacc ctgctgctgc aaactagcgt  4130341 cagagcatgt aaaagaacgt aaagttatgg aatagcaaag tttgttatcg tattttgctc  4130401 tcggaggaag aaaac
目的基因atgca taaaatctta ttagttgatg atgaccgtga actgacatcg  4130461 ctattaaaag agttgctcga gatggaagga ttcactgttg tgctcgctca tgatggcgaa  4130521 caggcattac aatatatcga ttcttcaatc gatctgctac tactggatat catgatgcca  4130581 cgtaaaaacg gcattgagac actaaaagag ctacgacaag accatcagac tcccgttatt  4130641 atgctaacgg cccgtggaag cgatttagac cgtgttctgg ggttagaact gggtgctgat  4130701 gattatcttc ctaagccgtt caatgatcgt gaactggtgg cccgtatacg tgcgatcctg  4130761 cgccgttcca actggagcga acaacaggct gatagtggga cacctgtact cgaggtcgat  4130821 aaactacagc tcaaccctgg gcggcaggaa gccagctttg acggtacaat tttggatctt  4130881 accggaacag aattcaccct gctttattta ttagcgcaac atttaggaca agtcgtttcc  4130941 cgcgaacact tgagtcagga agtcttggga aaacggttga caccctttga cagagccatt  4131001 gatatgcata tttccaacct gcgccgtaaa ttgccgaacc ggactgacga gttaccttgg  4131061 tttaagacat tacgcggtcg tggatactta atggtctctg caaaatga
下游tc aatagtttga  4131121 cagcccgtat ttttgcgatt ttctggctta cactggcgct cgtcctgatg gtggccttga  4131181 tggcaccaaa actggattca cggcaattga caccgctgtt ggacagtgaa tatcaacagg  4131241 gcatcatact cgcgaaacag atagaaaaag agttaacccg ctaccctgct aatgaactgt  4131301 tttggtggct acgactggat cgcgcaattg caaagtggac gccgccgggg caacttttac  4131361 tgctcgttac cagtgaagga cgtatcgttg atatccagac cagtgaaaag caggttgtcc  4131421 gtaacttcat tggtcaatcc aataatgcag atcatcccaa gaagaagaaa tatggtcgct  4131481 ctgaaatact cgggcccttt tctatccgcg atggtgaaga tcactaccag ctttacctca  4131541 ttaggcccgc aggtagcccc cagtctgact ttattaactt aatgtttgac cgaccccttt  4131601 tattacct
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心态决定命运
1楼2012-06-08 11:10:18
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蝈蝈1988

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuzhiming at 2012-06-08 11:24:14
你先把问题写清楚。
目的基因就有600bp怎么是400？

俺的目的是敲除目的基因。。。。。融合pcr的说。
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心态决定命运
4楼2012-06-08 11:50:04
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yuzhiming

捐助贵宾 (知名作家)
你先把问题写清楚。
目的基因就有600bp怎么是400？
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2楼2012-06-08 11:24:14
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蝈蝈1988

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuzhiming at 2012-06-08 11:24:14
你先把问题写清楚。
目的基因就有600bp怎么是400？

扩增的是目的基因的上下游片段，400bp左右。融合pcr的说。谢啦
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心态决定命运
3楼2012-06-08 11:33:12
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yuzhiming

捐助贵宾 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助，很热心哦 2012-06-08 14:15:02
要分3步：
1. PCR上游：
    UPstream-Forward：GACCGCAGCCTCATCAAAATTCG
    UPstream-Reverse：ATACGGGCTGTCAAACTATTGAGTTTTCTTCCTCCGAGAGC
2. PCR下游：
    LOWstream-Forward：GCTCTCGGAGGAAGAAAACTCAATAGTTTGACAGCCCGTAT
    LOWstream-Reverse：AGGTAATAAAAGGGGTCGGTCAA

3. 两个PCR片段分别回收，再合并作为模板，再用
     UPstream-Forward: GACCGCAGCCTCATCAAAATTCG
     LOWstream-Reverse: AGGTAATAAAAGGGGTCGGTCAA
    两个引物扩增。即可以得到你要的除去目的基因的上下游片段。

    PCR产物连入载体，测序后即可。

希望有用！
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5楼2012-06-08 14:00:54
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