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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock 软件模拟需要多长时间？
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way2009way6860

金虫 (正式写手)

[求助] Autodock 软件模拟需要多长时间？

用Autodock 软件模拟两个分子与一个DNA的分子对接需要多长时间？
跑动力学需要多久？
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GO,GO,加油!
1楼 2012-06-02 18:45:58
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auybv

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-03 00:09:09
way2009way6860: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢，我才知道这个软件没有动力学模拟程序 2012-06-03 12:06:03
这个很难回答，和你的体系大小，设置的盒子的大小以及其他一些参数都有很大关系，和计算机的速度关系也很大。另外Autodock本身就是进行分子对接的，怎么跑动力学呢？一般都是把对接好的结构拿到动力学模拟程序中进行模拟。
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2楼2012-06-02 22:30:41
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-03 10:19:59
way2009way6860: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢。我看看我们方向上用了多少次 2012-06-03 12:05:11
对接看分子大小和选择的对接次数，一般来讲10次对接几分到几十分钟吧，100次对接2小时以上吧~
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3楼2012-06-03 09:37:27
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-03 10:20:08
way2009way6860: 金币+1, 谢谢。你能计算动力学吗？ 2012-06-03 12:06:30
还有，上面说的时间是用PC机对接的，而AUTODOCK只做分子对接，不能搞MD，做MD得用AMBER\CHARMM\GROMACS等软件，如果个人计算机的话，跑个ns级别的估计得几十天，要求再高的话得用集群或者超算了。。。
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4楼2012-06-03 09:39:40
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