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20111987金虫 (正式写手)
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已知秀丽隐杆线虫的引物序列，如何得到所扩增片段的长度
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已知秀丽隐杆线虫的引物序列，如何得到所扩增片段的长度？ 引物如下： skn-1 5′-AGTGTCGGCGTTCCAGATTTC-3′； 5′-GTCGACGAATCTTGCGAATCA-3′； sod-3 5'-CCAACCAGCGCTGAAATTCAATGG 5'-GGAACCGAAGTCGCGCTTAATAGT daf-16(NM_001026247), 5′-TTTCCGTCCCCGAACTCAA-3′ ; 5′-ATTCGCCAACCCATGATGG-3′; hsp-16.2 5′-ACGCCAATTTGCTCCAGTCT-3′, 5′-GATGGCAAACTTTTGATCATTGTTA-3′; ama-1 5′-CTGACCCAAAGAACACGGTGA-3′ 5′-TCCAATTCGATCCGAAGAAGC-3′ akt-2 5′-TTGTAAAACGACGGCCAG 5′-CATGATTACGCCAAGCTC tub-1 5′-TCCAATTGCTCAACCACG-3′, 5′-AGGGAGTACTTCACTTGG-3′ |
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hongqifei
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niushuaiji
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| 找到pubmed中Nucleotide界面，点击左侧工具条内的BLAST，进入blast界面，选择Nucleotide板块中的Search for short, nearly exact matches ，在Search 提供的空白区键入 上游（5‘-3’）nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn（20个以上的n）下游引物（5‘-3’），在其他选框中进行必要的限定。点击blast按钮。待进入下一界面后点击format, 待出现下一界面后，察看其中上下游引物能100%互补序列，用目的序列的最大碱基位置-最小碱基位置+1即目的片段的长度。需要补充说明的是，统一引物可能会blast到多条pcr产物，但目的片段的大小一致，主要是同一基因，有些提供的序列不完整造成的。 你试试。 |
3楼2012-05-28 11:12:40
hongqifei
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amisking: 回帖置顶 2012-05-28 20:30:54
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UCSC的In-Silico PCR。物种选C.elegans，后面输入引物序列即可。 链接在此： http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/h ... amp;hgsid=273515433 |
4楼2012-05-28 12:47:34
