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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助MSP凝胶电泳该如何选择
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jmmchen

木虫 (正式写手)

[求助] 求助MSP凝胶电泳该如何选择 已有2人参与

请问大家有做甲基化特异性PCR的吗？？？
目前，我的研究课题是有关DNA甲基化的，经过PCR之后，我一般都是跑2%琼脂糖凝胶电泳，但最终结果一般会出现以下几个问题：
（1）对于我选择的目的基因，正常人的骨髓中应当是无甲基化的，文献报道正常人中应该没有甲基化。但我的电泳跑出来之后是有甲基化的。不知道是我的引物设计不合理，还是其他原因？？
（2）导师觉得我跑的条带不好看，希望改用PAGE凝胶进行电泳，我自认为这种办法不可取。不知道大家做甲基化PCR的，有用PAGE胶进行电泳的吗？？
如果有用PAGE胶的，请传授一下经验吧。
非常感谢！！！


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面朝大海，春暖花开
1楼 2012-05-16 19:23:59
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jqzhu1998

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

MSP检测单个CpG位点，用于细胞系较好
如果你设计的引物与文献中报道的不一致，也就是说，你分析的单个CpG位点与文献中报道的位点不一致，这样的话，结果没有可比性，既然已经做了修饰，为什么不做BSP了？结果会更好，更有说服力。
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8楼2012-07-01 16:51:31
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jmmchen

木虫 (正式写手)
竟然没有做的，好可怜呢
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面朝大海，春暖花开
2楼2012-05-20 23:19:09
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ADTechnology

捐助贵宾 (著名写手)

表观遗传学专业供应商

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-05-22 13:47:35
甲基化特异性PCR即MSP的方法，成功的关键是在引物的设计上面，不知您购买的相关的DNA甲基化修饰试剂盒是哪家公司的；同时，您可以通过调整引物设计来着手找问题，您是设计的一对甲基化引物和一对非甲基化引物吗？您使用的酶是哪家公司的，这也是一个关键的地方，主要是看此酶的特异性是否较高！
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3楼2012-05-22 09:53:42
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jmmchen

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ADTechnology at 2012-05-22 09:53:42:
甲基化特异性PCR即MSP的方法，成功的关键是在引物的设计上面，不知您购买的相关的DNA甲基化修饰试剂盒是哪家公司的；同时，您可以通过调整引物设计来着手找问题，您是设计的一对甲基化引物和一对非甲基化引物吗？您

您好，我用的DNA甲基化修饰试剂盒是INVITROGEN公司的EpiTect bisulfite kit，按操作流程修饰即可。通过甲基化引物设计软件设计一对甲基化引物和一对非甲基化引物。我不知道你用的缓冲液是不是Hermans buffer,我采用的是2 GoTaq green master mix，简单方便，扩增效率还是蛮高的。请你再指点一下吧，谢谢
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面朝大海，春暖花开
4楼2012-05-22 14:35:50
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