应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 从outcar中提取原子坐标的脚本
南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
71/1返回列表
查看: 5028  |  回复: 14
查看全部回帖@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 2 个 1ST强帖 ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mika

金虫 (正式写手)

纳米宝贝

[求助] 从outcar中提取原子坐标的脚本

想从outcar里面提取每一步自洽后指定原子的xyz坐标，请问有没有相关的脚本啊，谢谢
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VASP 第一性原理相关文档 第一性原理计算辅助工具 第一性原理和电化学
纳米及第一性原理方向 lywiailyw vasp从结构优化到光学性质 phystt

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2012-05-02 20:13:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mika

金虫 (正式写手)

纳米宝贝
引用回帖:
6楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-03 14:54:15:
已测试通过。如果不能运行，请chmod u+x giveAtomPosition.sh给文件添加x权限
欢迎改进！

谢谢，提供那么有用的信息。
我用vasp跑的md，后来发现里面有个xdatcar文件。里面有每一步的原子坐标。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2012-05-03 16:29:52
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mika

金虫 (正式写手)

纳米宝贝
引用回帖:
2楼: Originally posted by gfei2008 at 2012-05-02 23:37:23:
有个简单的指令你试试：grep "POSITION" -n OUTCAR
这个n表示你的原子数目，你把得到的数据存到一个文件下面，然后用ultraedit 去掉一些不用的提示就可以得到你想要的数据。
例如：grep "POSITI ...

谢谢，我去试试。
回复此楼
8楼2012-05-03 16:30:16
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mika

金虫 (正式写手)

纳米宝贝
引用回帖:
6楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-03 14:54:15:
已测试通过。如果不能运行，请chmod u+x giveAtomPosition.sh给文件添加x权限
欢迎改进！

还有我想给你发金币，但是我不知道怎么发...
赞一下 回复此楼
9楼2012-05-03 16:30:43
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mika

金虫 (正式写手)

纳米宝贝
引用回帖:
2楼: Originally posted by gfei2008 at 2012-05-02 23:37:23:
有个简单的指令你试试：grep "POSITION" -n OUTCAR
这个n表示你的原子数目，你把得到的数据存到一个文件下面，然后用ultraedit 去掉一些不用的提示就可以得到你想要的数据。
例如：grep "POSITI ...

还有我想给你发金币，但是我不知道怎么发...
赞一下 回复此楼
10楼2012-05-03 16:30:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mika

金虫 (正式写手)

纳米宝贝
引用回帖:
11楼: Originally posted by egogg at 2012-05-04 13:25:06:
可以用vmd。
vmd导入outcar之后，选定你所需要的帧，右键保存坐标就能把相应的结构数据导出来。

谢谢，怎么给你发金币呢~
赞一下 回复此楼
12楼2012-05-04 16:32:26
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mika 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭