应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 从outcar中提取原子坐标的脚本
152/2返回列表上一页12
查看: 5006  |  回复: 14
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 2 个 1ST强帖 ，点击这里进行查看

egogg

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢指教 2012-05-04 15:50:29
可以用vmd。
vmd导入outcar之后，选定你所需要的帧，右键保存坐标就能把相应的结构数据导出来。
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2012-05-04 13:25:06
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mika

金虫 (正式写手)

纳米宝贝
引用回帖:
11楼: Originally posted by egogg at 2012-05-04 13:25:06:
可以用vmd。
vmd导入outcar之后，选定你所需要的帧，右键保存坐标就能把相应的结构数据导出来。

谢谢，怎么给你发金币呢~
赞一下 回复此楼
12楼2012-05-04 16:32:26
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
其实算出来有个文件叫XDATCAR，就是楼主要的东西。
赞一下(1人) 回复此楼
13楼2012-05-04 17:55:27
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

showtime0703

新虫 (初入文坛)
怎么样根据OUTCAR中的坐标在MS中建立模型呢
赞一下 回复此楼
14楼2014-07-13 00:01:29
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

呦咯啊

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-03 13:26:11
由此给出思路及相应脚本：
  首先，要知道体系有多少个原子。这个可以从POSCAR中读取。
  然后，要告诉脚本，你关心的是哪个原子。我们把这个原子在POSCAR中的序号写到一个叫“in”的文件里面，让脚本去读就好了！ ...

请问我们只需要找到行数对体系原子数取余数后结果为我们关心的原子对应的序数的行就行了：
NR%2==0(第2个原子，也就是余数为2，即余数为0)
能解释的详细一些吗？ 比如我相输出的原胞为16个原子的，原子个数为 A=8 B=4 C=4  那么我想要B原子的坐标， 请问我应该怎么输呀   


本人没有语句功底   希望能得到解答  谢谢
赞一下 回复此楼
15楼2015-10-28 17:28:50
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mika 的主题更新
152/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭