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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 从outcar中提取原子坐标的脚本
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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egogg

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢指教 2012-05-04 15:50:29
可以用vmd。
vmd导入outcar之后，选定你所需要的帧，右键保存坐标就能把相应的结构数据导出来。
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11楼2012-05-04 13:25:06
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mika

金虫 (正式写手)

纳米宝贝
引用回帖:
11楼: Originally posted by egogg at 2012-05-04 13:25:06:
可以用vmd。
vmd导入outcar之后，选定你所需要的帧，右键保存坐标就能把相应的结构数据导出来。

谢谢，怎么给你发金币呢~
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12楼2012-05-04 16:32:26
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
其实算出来有个文件叫XDATCAR，就是楼主要的东西。
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13楼2012-05-04 17:55:27
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showtime0703

新虫 (初入文坛)
怎么样根据OUTCAR中的坐标在MS中建立模型呢
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14楼2014-07-13 00:01:29
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呦咯啊

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-03 13:26:11
由此给出思路及相应脚本：
  首先，要知道体系有多少个原子。这个可以从POSCAR中读取。
  然后，要告诉脚本，你关心的是哪个原子。我们把这个原子在POSCAR中的序号写到一个叫“in”的文件里面，让脚本去读就好了！ ...

请问我们只需要找到行数对体系原子数取余数后结果为我们关心的原子对应的序数的行就行了：
NR%2==0(第2个原子，也就是余数为2，即余数为0)
能解释的详细一些吗？ 比如我相输出的原胞为16个原子的，原子个数为 A=8 B=4 C=4  那么我想要B原子的坐标， 请问我应该怎么输呀   


本人没有语句功底   希望能得到解答  谢谢
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15楼2015-10-28 17:28:50
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