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mika

金虫 (正式写手)

纳米宝贝

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[求助] 从outcar中提取原子坐标的脚本

想从outcar里面提取每一步自洽后指定原子的xyz坐标，请问有没有相关的脚本啊，谢谢

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1楼2012-05-02 20:13:21

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呦咯啊

新虫 (初入文坛)

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引用回帖:

4楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-03 13:26:11
由此给出思路及相应脚本：
首先，要知道体系有多少个原子。这个可以从POSCAR中读取。
然后，要告诉脚本，你关心的是哪个原子。我们把这个原子在POSCAR中的序号写到一个叫“in”的文件里面，让脚本去读就好了！ ...

请问我们只需要找到行数对体系原子数取余数后结果为我们关心的原子对应的序数的行就行了：
NR%2==0(第2个原子，也就是余数为2，即余数为0)
能解释的详细一些吗？比如我相输出的原胞为16个原子的，原子个数为 A=8 B=4 C=4 那么我想要B原子的坐标，请问我应该怎么输呀

本人没有语句功底希望能得到解答谢谢

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15楼2015-10-28 17:28:50

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