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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】dmol添加原子时底层跑到真空层最上方
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lishufei

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】dmol添加原子时底层跑到真空层最上方

如题
我在手动加原子时发现最底层原子跑到真空层的上方去啦。是什么原因啊？
我试着固定最下三层结果没有用啊，请教大家啦，用粗劣方法优化完的可以加，而用medium优化完的却不能，这是怎么回事啊？我把对称性都降到p1啦
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1楼 2010-11-22 10:06:24
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ccwhhs

铜虫 (正式写手)
★
lishufei(金币+2): 2010-11-22 10:15:54
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-11-22 11:53:34
是不是对称性在作怪,最低层下方也是真空层,所以在真空层最上方.
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2楼2010-11-22 10:09:01
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lishufei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ccwhhs at 2010-11-22 10:09:01:
是不是对称性在作怪,最低层下方也是真空层,所以在真空层最上方.

对称性已经是最低啦难道是提高对称性？
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3楼2010-11-22 10:17:12
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ccwhhs

铜虫 (正式写手)
这个不太清楚,我不作晶体,没动手作过.
请其他人回答.
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4楼2010-11-22 10:20:12
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★
lishufei(金币+2): 2010-11-22 10:54:27
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-11-22 11:53:47
这样的周期性结构超胞的最上面与最下面是同一个位置
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5楼2010-11-22 10:24:57
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lishufei

金虫 (正式写手)
[quote]Originally posted by sunyang1988 at 2010-11-22 10:24:57:
这样的周期性结构超胞的最上面与最下面是同一个位置 [/quote
是不是说不要去管它，没有影响的？
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6楼2010-11-22 10:54:16
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★
lishufei(金币+2): 2010-11-22 11:01:37
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-11-22 11:53:57
只是作图时看着不太方便，跑到上边的原子你可以通过这个方向上坐标减一把它放到下面去，这样是一样的
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7楼2010-11-22 10:58:50
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lishufei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2010-11-22 10:58:50:
只是作图时看着不太方便，跑到上边的原子你可以通过这个方向上坐标减一把它放到下面去，这样是一样的

谢谢啊。我对比着算一下。在初始的切表面建超胞时会根据对称性在真空的最上方加一层和底面相同的原子，比如你深度是五层，结果是除了地下的五层在最上面还会多出一层原子（和最下面的一样），当你加原子时最上层会自动消失。我当时是这样理解的在没加原子时刚建好的超胞对称性很好周期性很好，当加原子时，没有了周期性，所以会自动消失真空层上面的。不知道我的理解是否正确？
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8楼2010-11-22 11:13:34
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★
lishufei(金币+2): 2010-11-22 14:38:16
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-11-22 14:39:34
你注意看一下上面多出的那一层是不是正好在界面上，其实那只是半层而已（二分之一的权重，同立方晶胞角上的原子只有八分之一权重同样的道理），最下面一层也正在界面上，也是半层，这两层加起来才是一层。你加了了原子后，对称性破缺，原子稍微移动了一点位置，就不是恰好在原来界面位置上了
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9楼2010-11-22 13:55:39
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lishufei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2010-11-22 13:55:39:
你注意看一下上面多出的那一层是不是正好在界面上，其实那只是半层而已（二分之一的权重，同立方晶胞角上的原子只有八分之一权重同样的道理），最下面一层也正在界面上，也是半层，这两层加起来才是一层。你加了了 ...

加了原子后，破坏了对称性后，最下层的半层是不是自动按一个计算啦？（不然的话切六层变成五层半啦）是不是这个意思啊？
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10楼2010-11-22 14:33:18
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lishufei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2010-11-22 13:55:39:
你注意看一下上面多出的那一层是不是正好在界面上，其实那只是半层而已（二分之一的权重，同立方晶胞角上的原子只有八分之一权重同样的道理），最下面一层也正在界面上，也是半层，这两层加起来才是一层。你加了了 ...

刚才试了试确实如你说的，谢谢啊
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11楼2010-11-22 14:39:28
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-11-22 18:29:21
引用回帖:
Originally posted by lishufei at 2010-11-22 14:33:18:

加了原子后，破坏了对称性后，最下层的半层是不是自动按一个计算啦？（不然的话切六层变成五层半啦）是不是这个意思啊？

表面上的原子只有二分之一的权重，跑到体内就是一的权重
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12楼2010-11-22 14:50:07
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