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如何获得转录调控网络？
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最近想研究转录调控网络，但寻找了一下，发现转录因子对基因的调控信息不知道如何获得。麻烦有经验的大侠们提供一些可供下载的数据库资源或者资料啊，最好是免费的。 注：我最近试了Transfac、JARSPAR、TRRD等，但发现它们都只是提供转录因子的结合位置序列信息，而不是具体结合的基因信息，并且有些还收费。 而我想知道的是转录因子到底都结合了哪些基因的启动子区！ 谢谢大侠告知啊！  |
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 生物信息学 | 系统生物学 |
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转录因子数据库与转录因子预测软件 转录因子数据库： TRANSFAC: http://www.gene-regulation.com/pub/databses.html TRRD: http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/ TFD: http://www.ifti.org/ JASPAP : http://jaspar.cgb.ki.se/ DBTSS: http://dbtess.hgc.jp/ 转录因子预测软件： March 1.0 http://compel.binet.nsc,ru/March/March.html TFSEACH http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEACH.html MAPPER http://mapper.chip.org P-March: http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html TESS http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess PatSearch http://www.ba.itb.cnr.it/BIG/PatSearch m2transfac http://explain.biobase.de/cgi-bin/m2transfac/bin/start.cgi Signal Scan http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/ |
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你还是还先看些生物大分子网络的系统的基础参考书为好，很多东西不是一两句话说得清楚的。 BIOLOGICAL NETWORKS（2007）http://ishare.iask.sina.com.cn/f/18454396.html |
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取决于你需要的species，mammalian 还是 其他 model system？ Yeast的转录调控网络会相对完整一些，mammalian的估计要猴年马月才能搞清楚。至少免费的关于人的数据库都很有限。收费的数据库相对好一些，像transfac，genego的metacore和ingenuity的IPA等。 另外需要搞清楚你要研究的问题，具体系统或特定条件下的regulatory network，还是network reconstruction的算法研究？一般为了得到较完善的regulatory network，尽可能有的数据都会集成起来，至少目前是已集成基因表达数据和chip-chip 或chip-seq为主。建议读读Andrea Califano组（Columbia university）的相关paper |
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