应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何获得转录调控网络？
301/1返回列表
查看: 5207  |  回复: 29
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

limits999

木虫 (正式写手)

[交流] 如何获得转录调控网络？

最近想研究转录调控网络，但寻找了一下，发现转录因子对基因的调控信息不知道如何获得。麻烦有经验的大侠们提供一些可供下载的数据库资源或者资料啊，最好是免费的。
注：我最近试了Transfac、JARSPAR、TRRD等，但发现它们都只是提供转录因子的结合位置序列信息，而不是具体结合的基因信息，并且有些还收费。
而我想知道的是转录因子到底都结合了哪些基因的启动子区！
谢谢大侠告知啊！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

生物信息学 系统生物学

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-04-25 16:11:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

凌波丽

专家顾问 (知名作家)
转录因子数据库与转录因子预测软件

转录因子数据库：
TRANSFAC:
http://www.gene-regulation.com/pub/databses.html
TRRD:
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/
TFD:
http://www.ifti.org/
JASPAP :
http://jaspar.cgb.ki.se/
DBTSS:
http://dbtess.hgc.jp/

转录因子预测软件：
March 1.0
http://compel.binet.nsc,ru/March/March.html
TFSEACH
http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEACH.html
MAPPER
http://mapper.chip.org
P-March:
http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html
TESS
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
PatSearch
http://www.ba.itb.cnr.it/BIG/PatSearch
m2transfac
http://explain.biobase.de/cgi-bin/m2transfac/bin/start.cgi
Signal Scan
http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/
赞一下(2人) 回复此楼
28楼2013-09-27 10:35:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

robertorun

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
limits999(金币+1): 谢谢参与
zhaohq1209: 金币+2, 鼓励交流~ 2012-04-27 13:10:02
那你去按结合位置序列信息去搜索比对基因的启动子区域，在由启动子找到对应的基因！
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

limits999
2楼2012-04-26 09:45:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shyu_en

金虫 (小有名气)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
说到底，这时候就看内功了，平时文献阅读量很重要的。
赞一下 回复此楼
6楼2012-04-27 08:49:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★ ★ ★
limits999(金币+1): 谢谢参与
zhaohq1209: 金币+2, 鼓励鼓励~ 2012-04-27 13:10:14
你还是还先看些生物大分子网络的系统的基础参考书为好，很多东西不是一两句话说得清楚的。
BIOLOGICAL NETWORKS（2007）http://ishare.iask.sina.com.cn/f/18454396.html
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

limits999
7楼2012-04-27 10:59:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ewuyanfei

木虫 (职业作家)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
帮顶一个：）祝一切顺利：）
赞一下 回复此楼
9楼2012-04-27 16:13:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

limits999

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 凌波丽 at 2012-04-27 10:59:05:
你还是还先看些生物大分子网络的系统的基础参考书为好，很多东西不是一两句话说得清楚的。
BIOLOGICAL NETWORKS（2007）http://ishare.iask.sina.com.cn/f/18454396.html

谢谢您的热心帮忙回答，这本书我看了相关部分的章节。里面描述了转录调控网络的生物学背景以及相关的一些构建、分析方法。但并没有提供已有的转录调控数据的来源，如果您知道的话，还麻烦进一步告知，谢谢。
赞一下 回复此楼
10楼2012-04-28 08:56:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

limits999

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by robertorun at 2012-04-26 09:45:24:
那你去按结合位置序列信息去搜索比对基因的启动子区域，在由启动子找到对应的基因！

谢谢您的建议。我还是尽量先考虑获得直接的转录调控数据吧，如果实在不行了我会考虑按照您的建议去做的。
赞一下 回复此楼
11楼2012-04-28 08:57:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liushilei1111

木虫 (著名写手)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
不要鄙视，我是送祝福
回复此楼
13楼2012-04-28 10:09:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
不同的转录因子可以结合在不同的基因的启动子区，不同的转录因子肯定是不同的。具体要通过看相关文献来了解吧！
赞一下 回复此楼
14楼2012-04-28 11:50:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凌波丽

专家顾问 (知名作家)
LUONAN CHEN,BIOMOLECULAR NETWORKS ---Methods and Applications in Systems Biology，John Wiley & Sons, Inc.2009，Chapter-3 。Reconstructio n of Gene Regul atory Networks，写了转录网络的数据库和搜索软件。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

limits999
15楼2012-04-28 11:58:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凌波丽

专家顾问 (知名作家)
具体要搜索还是查阅具体的相关SCI文献。
赞一下 回复此楼
16楼2012-04-28 12:02:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★ ★ ★ ★
telomerase: 金币+4, 谢谢你的热心应助！！ 2012-04-30 11:54:50
内容已删除
回复此楼
17楼2012-04-28 18:39:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

limits999

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
15楼: Originally posted by 凌波丽 at 2012-04-28 11:58:21:
LUONAN CHEN,BIOMOLECULAR NETWORKS ---Methods and Applications in Systems Biology，John Wiley & Sons, Inc.2009，Chapter-3 。Reconstructio n of Gene Regul atory Networks，写了转录网络的数据库和搜 ...

谢谢您的回答，只是不知大侠是否可提供一下这本书的相关下载地址？
赞一下 回复此楼
18楼2012-04-29 10:46:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

toflyfirst

银虫 (正式写手)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
我就知道个KEGG，希望有用
赞一下 回复此楼
19楼2012-04-29 20:40:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dfl204

铁杆木虫 (著名写手)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
好大的课题！
回复此楼
21楼2012-04-30 15:34:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

limits999

木虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by toflyfirst at 2012-04-29 20:40:19:
我就知道个KEGG，希望有用

谢谢，不过现在的KEGG需要收费啊。。。
赞一下 回复此楼
22楼2012-05-01 16:51:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hooking

铜虫 (初入文坛)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
取决于你需要的species，mammalian 还是 其他 model system？ Yeast的转录调控网络会相对完整一些，mammalian的估计要猴年马月才能搞清楚。至少免费的关于人的数据库都很有限。收费的数据库相对好一些，像transfac，genego的metacore和ingenuity的IPA等。

另外需要搞清楚你要研究的问题，具体系统或特定条件下的regulatory network，还是network reconstruction的算法研究？一般为了得到较完善的regulatory network，尽可能有的数据都会集成起来，至少目前是已集成基因表达数据和chip-chip 或chip-seq为主。建议读读Andrea Califano组（Columbia university）的相关paper
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

limits999
24楼2012-05-02 02:52:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

limits999

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
24楼: Originally posted by hooking at 2012-05-02 02:52:47:
取决于你需要的species，mammalian 还是 其他 model system？ Yeast的转录调控网络会相对完整一些，mammalian的估计要猴年马月才能搞清楚。至少免费的关于人的数据库都很有限。收费的数据库相对好一些，像transfa ...

谢谢您的详细回答
赞一下 回复此楼
25楼2012-05-02 08:19:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晨钟暮鼓w

金虫 (小有名气)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
6楼: Originally posted by shyu_en at 2012-04-27 08:49:28
说到底，这时候就看内功了，平时文献阅读量很重要的。

靠，这个太狠了吧
回复此楼
27楼2012-11-09 19:01:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

limits999

木虫 (正式写手)
引用回帖:
28楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-09-27 10:35:36
转录因子数据库与转录因子预测软件

转录因子数据库：
TRANSFAC:
http://www.gene-regulation.com/pub/databses.html
TRRD:
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/
TFD:
http://www.ifti.org/
JASPAP ...

灰常感谢啊，很全很强大
赞一下 回复此楼
29楼2014-04-14 15:07:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

willzang

新虫 (初入文坛)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
楼主问题解决了没？小弟刚入行，想构建干细胞TF-target gene调控网络，不知如何下手。谢谢。
赞一下 回复此楼
30楼2018-10-22 15:57:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
yangshen20113楼
2012-04-26 10:01   回复  
limits999(金币+1): 谢谢参与
ansonal4楼
2012-04-26 10:11   回复  
limits999(金币+1): 谢谢参与
slytjiaofei5楼
2012-04-26 10:30   回复  
limits999(金币+1): 谢谢参与
drshiz10028楼
2012-04-27 15:30   回复  
limits999(金币+1): 谢谢参与
shihao61112楼
2012-04-28 09:29   回复  
limits999(金币+1): 谢谢参与
yingying158820楼
2012-04-29 21:15   回复  
limits999(金币+1): 谢谢参与
zhaoweigang23楼
2012-05-01 16:52   回复  
limits999(金币+1): 谢谢参与
aspire201826楼
2012-07-25 16:05   回复  
limits999(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 limits999 的主题更新
301/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +6 yuleib84 2026-08-18 7/350 2026-08-18 15:02 by sytp
[教师之家] 两姐妹，一个辛辛苦苦30岁工作当大学教师，另一个23岁就工作当开车教练 +3 瞬息宇宙 2026-08-11 5/250 2026-08-18 14:55 by LNP@mRNA
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 8/400 2026-08-18 11:47 by gltch
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +4 Tide man 2026-08-14 5/250 2026-08-18 11:35 by Tide man
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 5/250 2026-08-18 11:25 by 無關想念
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +5 基诺咪客 2026-08-17 6/300 2026-08-18 11:06 by hunter无悔
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭