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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何获得转录调控网络？
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limits999

木虫 (正式写手)

[交流] 如何获得转录调控网络？

最近想研究转录调控网络，但寻找了一下，发现转录因子对基因的调控信息不知道如何获得。麻烦有经验的大侠们提供一些可供下载的数据库资源或者资料啊，最好是免费的。
注：我最近试了Transfac、JARSPAR、TRRD等，但发现它们都只是提供转录因子的结合位置序列信息，而不是具体结合的基因信息，并且有些还收费。
而我想知道的是转录因子到底都结合了哪些基因的启动子区！
谢谢大侠告知啊！
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1楼 2012-04-25 16:11:28
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

凌波丽

专家顾问 (知名作家)
转录因子数据库与转录因子预测软件

转录因子数据库：
TRANSFAC:
http://www.gene-regulation.com/pub/databses.html
TRRD:
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/
TFD:
http://www.ifti.org/
JASPAP :
http://jaspar.cgb.ki.se/
DBTSS:
http://dbtess.hgc.jp/

转录因子预测软件：
March 1.0
http://compel.binet.nsc,ru/March/March.html
TFSEACH
http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEACH.html
MAPPER
http://mapper.chip.org
P-March:
http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html
TESS
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
PatSearch
http://www.ba.itb.cnr.it/BIG/PatSearch
m2transfac
http://explain.biobase.de/cgi-bin/m2transfac/bin/start.cgi
Signal Scan
http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/
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28楼2013-09-27 10:35:36
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robertorun

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
limits999(金币+1): 谢谢参与
zhaohq1209: 金币+2, 鼓励交流~ 2012-04-27 13:10:02
那你去按结合位置序列信息去搜索比对基因的启动子区域，在由启动子找到对应的基因！
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limits999
2楼2012-04-26 09:45:24
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shyu_en

金虫 (小有名气)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
说到底，这时候就看内功了，平时文献阅读量很重要的。
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6楼2012-04-27 08:49:28
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★ ★ ★
limits999(金币+1): 谢谢参与
zhaohq1209: 金币+2, 鼓励鼓励~ 2012-04-27 13:10:14
你还是还先看些生物大分子网络的系统的基础参考书为好，很多东西不是一两句话说得清楚的。
BIOLOGICAL NETWORKS（2007）http://ishare.iask.sina.com.cn/f/18454396.html
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limits999
7楼2012-04-27 10:59:05
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ewuyanfei

木虫 (职业作家)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
帮顶一个：）祝一切顺利：）
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9楼2012-04-27 16:13:08
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limits999

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 凌波丽 at 2012-04-27 10:59:05:
你还是还先看些生物大分子网络的系统的基础参考书为好，很多东西不是一两句话说得清楚的。
BIOLOGICAL NETWORKS（2007）http://ishare.iask.sina.com.cn/f/18454396.html

谢谢您的热心帮忙回答，这本书我看了相关部分的章节。里面描述了转录调控网络的生物学背景以及相关的一些构建、分析方法。但并没有提供已有的转录调控数据的来源，如果您知道的话，还麻烦进一步告知，谢谢。
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10楼2012-04-28 08:56:01
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limits999

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by robertorun at 2012-04-26 09:45:24:
那你去按结合位置序列信息去搜索比对基因的启动子区域，在由启动子找到对应的基因！

谢谢您的建议。我还是尽量先考虑获得直接的转录调控数据吧，如果实在不行了我会考虑按照您的建议去做的。
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11楼2012-04-28 08:57:23
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liushilei1111

木虫 (著名写手)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
不要鄙视，我是送祝福
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13楼2012-04-28 10:09:38
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
不同的转录因子可以结合在不同的基因的启动子区，不同的转录因子肯定是不同的。具体要通过看相关文献来了解吧！
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14楼2012-04-28 11:50:55
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
LUONAN CHEN,BIOMOLECULAR NETWORKS ---Methods and Applications in Systems Biology，John Wiley & Sons, Inc.2009，Chapter-3 。Reconstructio n of Gene Regul atory Networks，写了转录网络的数据库和搜索软件。
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limits999
15楼2012-04-28 11:58:21
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
具体要搜索还是查阅具体的相关SCI文献。
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16楼2012-04-28 12:02:02
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★ ★ ★ ★
telomerase: 金币+4, 谢谢你的热心应助！！ 2012-04-30 11:54:50
内容已删除
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17楼2012-04-28 18:39:23
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limits999

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
15楼: Originally posted by 凌波丽 at 2012-04-28 11:58:21:
LUONAN CHEN,BIOMOLECULAR NETWORKS ---Methods and Applications in Systems Biology，John Wiley & Sons, Inc.2009，Chapter-3 。Reconstructio n of Gene Regul atory Networks，写了转录网络的数据库和搜 ...

谢谢您的回答，只是不知大侠是否可提供一下这本书的相关下载地址？
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18楼2012-04-29 10:46:31
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toflyfirst

银虫 (正式写手)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
我就知道个KEGG，希望有用
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19楼2012-04-29 20:40:19
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dfl204

铁杆木虫 (著名写手)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
好大的课题！
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21楼2012-04-30 15:34:10
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limits999

木虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by toflyfirst at 2012-04-29 20:40:19:
我就知道个KEGG，希望有用

谢谢，不过现在的KEGG需要收费啊。。。
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22楼2012-05-01 16:51:33
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hooking

铜虫 (初入文坛)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
取决于你需要的species，mammalian 还是 其他 model system？ Yeast的转录调控网络会相对完整一些，mammalian的估计要猴年马月才能搞清楚。至少免费的关于人的数据库都很有限。收费的数据库相对好一些，像transfac，genego的metacore和ingenuity的IPA等。

另外需要搞清楚你要研究的问题，具体系统或特定条件下的regulatory network，还是network reconstruction的算法研究？一般为了得到较完善的regulatory network，尽可能有的数据都会集成起来，至少目前是已集成基因表达数据和chip-chip 或chip-seq为主。建议读读Andrea Califano组（Columbia university）的相关paper
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limits999
24楼2012-05-02 02:52:47
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limits999

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
24楼: Originally posted by hooking at 2012-05-02 02:52:47:
取决于你需要的species，mammalian 还是 其他 model system？ Yeast的转录调控网络会相对完整一些，mammalian的估计要猴年马月才能搞清楚。至少免费的关于人的数据库都很有限。收费的数据库相对好一些，像transfa ...

谢谢您的详细回答
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25楼2012-05-02 08:19:34
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晨钟暮鼓w

金虫 (小有名气)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
6楼: Originally posted by shyu_en at 2012-04-27 08:49:28
说到底，这时候就看内功了，平时文献阅读量很重要的。

靠，这个太狠了吧
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27楼2012-11-09 19:01:40
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limits999

木虫 (正式写手)
引用回帖:
28楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-09-27 10:35:36
转录因子数据库与转录因子预测软件

转录因子数据库：
TRANSFAC:
http://www.gene-regulation.com/pub/databses.html
TRRD:
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/
TFD:
http://www.ifti.org/
JASPAP ...

灰常感谢啊，很全很强大
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29楼2014-04-14 15:07:55
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willzang

新虫 (初入文坛)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
楼主问题解决了没？小弟刚入行，想构建干细胞TF-target gene调控网络，不知如何下手。谢谢。
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30楼2018-10-22 15:57:00
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yangshen20113楼
2012-04-26 10:01   回复  
limits999(金币+1): 谢谢参与
ansonal4楼
2012-04-26 10:11   回复  
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slytjiaofei5楼
2012-04-26 10:30   回复  
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drshiz10028楼
2012-04-27 15:30   回复  
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shihao61112楼
2012-04-28 09:29   回复  
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yingying158820楼
2012-04-29 21:15   回复  
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zhaoweigang23楼
2012-05-01 16:52   回复  
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aspire201826楼
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