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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何获得转录调控网络？
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limits999

木虫 (正式写手)

[交流] 如何获得转录调控网络？

最近想研究转录调控网络，但寻找了一下，发现转录因子对基因的调控信息不知道如何获得。麻烦有经验的大侠们提供一些可供下载的数据库资源或者资料啊，最好是免费的。
注：我最近试了Transfac、JARSPAR、TRRD等，但发现它们都只是提供转录因子的结合位置序列信息，而不是具体结合的基因信息，并且有些还收费。
而我想知道的是转录因子到底都结合了哪些基因的启动子区！
谢谢大侠告知啊！
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1楼 2012-04-25 16:11:28
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
转录因子数据库与转录因子预测软件

转录因子数据库：
TRANSFAC:
http://www.gene-regulation.com/pub/databses.html
TRRD:
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/
TFD:
http://www.ifti.org/
JASPAP :
http://jaspar.cgb.ki.se/
DBTSS:
http://dbtess.hgc.jp/

转录因子预测软件：
March 1.0
http://compel.binet.nsc,ru/March/March.html
TFSEACH
http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEACH.html
MAPPER
http://mapper.chip.org
P-March:
http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html
TESS
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
PatSearch
http://www.ba.itb.cnr.it/BIG/PatSearch
m2transfac
http://explain.biobase.de/cgi-bin/m2transfac/bin/start.cgi
Signal Scan
http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/
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28楼2013-09-27 10:35:36
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robertorun

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
limits999(金币+1): 谢谢参与
zhaohq1209: 金币+2, 鼓励交流~ 2012-04-27 13:10:02
那你去按结合位置序列信息去搜索比对基因的启动子区域，在由启动子找到对应的基因！
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limits999
2楼2012-04-26 09:45:24
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shyu_en

金虫 (小有名气)
★
limits999(金币+1): 谢谢参与
说到底，这时候就看内功了，平时文献阅读量很重要的。
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6楼2012-04-27 08:49:28
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★ ★ ★
limits999(金币+1): 谢谢参与
zhaohq1209: 金币+2, 鼓励鼓励~ 2012-04-27 13:10:14
你还是还先看些生物大分子网络的系统的基础参考书为好，很多东西不是一两句话说得清楚的。
BIOLOGICAL NETWORKS（2007）http://ishare.iask.sina.com.cn/f/18454396.html
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limits999
7楼2012-04-27 10:59:05
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