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limits999

木虫 (正式写手)

应助: 3 (幼儿园)
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帖子: 531
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虫号: 767756

[交流] 如何获得转录调控网络？

最近想研究转录调控网络，但寻找了一下，发现转录因子对基因的调控信息不知道如何获得。麻烦有经验的大侠们提供一些可供下载的数据库资源或者资料啊，最好是免费的。
注：我最近试了Transfac、JARSPAR、TRRD等，但发现它们都只是提供转录因子的结合位置序列信息，而不是具体结合的基因信息，并且有些还收费。
而我想知道的是转录因子到底都结合了哪些基因的启动子区！
谢谢大侠告知啊！

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1楼 2012-04-25 16:11:28

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hooking

铜虫 (初入文坛)

应助: 4 (幼儿园)
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虫号: 409884

★
limits999(金币+1): 谢谢参与

取决于你需要的species，mammalian 还是其他 model system？ Yeast的转录调控网络会相对完整一些，mammalian的估计要猴年马月才能搞清楚。至少免费的关于人的数据库都很有限。收费的数据库相对好一些，像transfac，genego的metacore和ingenuity的IPA等。

另外需要搞清楚你要研究的问题，具体系统或特定条件下的regulatory network，还是network reconstruction的算法研究？一般为了得到较完善的regulatory network，尽可能有的数据都会集成起来，至少目前是已集成基因表达数据和chip-chip 或chip-seq为主。建议读读Andrea Califano组（Columbia university）的相关paper