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liulinlinyan

铜虫 (正式写手)

[交流] gromacs 蛋白质自组装 已有1人参与

请教各位高手,gromacs中是否可以实现蛋白质的静电自组装,能否推荐一下相关的教程或者参考之类的;还有就是MARTINI力场能否实现对于蛋白质自组装的模拟研究,我看官网上说起不能进行蛋白质折叠的研究,那么蛋白质的折叠与蛋白质的自组装之间具有怎样的差别呢,另外对于NAMD和gromacs,哪一个对于模拟较好呢?首先先感谢各位的积极参与讨论以及指点!

[ Last edited by liulinlinyan on 2012-4-15 at 19:14 ]
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liulinlinyan

铜虫 (正式写手)

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引用回帖:
2楼: Originally posted by jawang at 2012-04-18 19:03:25:
MARTINI力场由于在力场参数中需要确定蛋白的二级结构,所以不能用来研究蛋白质折叠的研究。对于软件NAMD和gromacs应该都差不多,不过上手本人觉得gromacs很快。

感谢您的交流与帮助,既然MARTINI力场不能用于蛋白质的折叠,那么对于蛋白质的自组装能否采用MARTINI力场呢?多谢指点!
3楼2012-04-20 16:38:59
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jawang

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-04-18 19:38:52
MARTINI力场由于在力场参数中需要确定蛋白的二级结构,所以不能用来研究蛋白质折叠的研究。对于软件NAMD和gromacs应该都差不多,不过上手本人觉得gromacs很快。

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2楼2012-04-18 19:03:25
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