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hackett

银虫 (小有名气)

[求助] 3个片段的重叠pcr能否一步到位?

有三个片段,分别为330 150 250bp,两个接头都有20bp的重叠序列,想一次性拼起来。PCR时分步进行,先是不加引物,单纯扩模板。希望得到三个片段正确连接的模板。然后加入第一个片段的上游引物和第三个片段的下游引物,做了好几次了,之前都会出现250bp的条带,又一次在目的条带大小处有点模糊的亮区,但是比250bp处的条带暗很多。最后一次什么条带都没了。
拼模板时的退火温度试过55至40℃的梯度,和40到30℃的touchdown,都是10个循环,后面加入引物的扩增试过50-68℃的梯度,都没有能成功。我自己觉得问题主要处在3片段的模板没有连出来。不知道有没有人遇到过类似的情况?该怎么解决?
关于出现250bp的非目的条带,怀疑是单引物扩增,引物第三个片段刚好也是250bp的样子。不知道这种情况在不跟换引物的前提下还能不能做下去?
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Dreamer
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yyy_zzz

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hackett at 2012-04-16 17:25:41:
三个片段已经分别扩增了,您的意思是重叠拼接拼模板的循环数加到60吗?

是的
4楼2012-04-16 19:15:56
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yyy_zzz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-16 21:32:58
可以的。拼接的时候把循环增加到60个循环。(分别扩增出三个片段后,纯化后等摩尔比加入重叠体系,然后进行重叠拼接)
2楼2012-04-16 09:19:50
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hackett

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yyy_zzz at 2012-04-16 09:19:50:
可以的。拼接的时候把循环增加到60个循环。(分别扩增出三个片段后,纯化后等摩尔比加入重叠体系,然后进行重叠拼接)

三个片段已经分别扩增了,您的意思是重叠拼接拼模板的循环数加到60吗?
Dreamer
3楼2012-04-16 17:25:41
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hackett

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yyy_zzz at 2012-04-16 19:15:56:
是的

好的,下回我试试看。
Dreamer
5楼2012-04-16 20:33:40
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