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baby1_9253344

金虫 (小有名气)

[求助] 重组质粒丢失一个碱基是否影响表达

如题,欲将外源基因插入PET30a质粒的多酶切位点,表达蛋白。测序后发现在rbs前面的基因处少了个碱基A,别的地方都正常。不知道这样是否会造成错位,影响蛋白表达?
如图,红圈标出位置本应是AAA,但测序结果是AA....前面测序的图挺丑的,不过后面的峰还是挺分明的(见附件),新手,不懂怎么看测序图。求高手解答~~

测序图[ Last edited by baby1_9253344 on 2012-4-10 at 20:13 ]
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  • 2012-04-10 20:12:36, 257.25 K

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zx6291

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


baby1_9253344: 金币+1 2012-04-12 10:50:30
引用回帖:
8楼: Originally posted by baby1_9253344 at 2012-04-11 11:01:10:
碱基缺少是在ATG前面的,而且也在RBS前面,我基因内部没有问题。我就是搞不清基因启动的顺序,看质粒图谱,箭头方向很乱....

那就可能是两个原因,1是公司测序的问题,建议重新换一家,2是你的载体本身缺了个碱基A,我觉得1的可能性更大,而且一般测序结果前100个碱基都不太准确,因为有荧光染料的影响。只要你的插入片段没有碱基缺式就OK了。
10楼2012-04-11 11:07:48
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zhaohq1209

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
telomerase: 金币+2, 辛苦辛苦 2012-04-10 20:56:29
baby1_9253344: 金币+2 2012-04-11 08:22:49
baby1_9253344: 金币+2, 谢谢回复~ 2012-04-11 09:10:21
测序峰图不是很好,可能是测序错误。

如果是缺掉一个碱基,会造成移码突变,只能重做。
我有一个梦想,我梦想有一天,我们的人民可以根据自己的意愿与消费能力,居住在自己愿意居住的地方。
2楼2012-04-10 20:43:11
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gywyl1977

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
telomerase: 金币+2, 谢谢你的热心应助 2012-04-10 20:56:36
baby1_9253344: 金币+2 2012-04-11 08:23:04
1)可能就是AAA,因为此处的色谱峰没有分离开,机器可能少读一个A。
2)即使少了一个A, 如果是在rbs前面,不会造成蛋白的错读,最多影响点转录效率;
3)实在不放心就重新挑个克隆测序吧,花不了几个钱的。
3楼2012-04-10 20:43:37
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baby1_9253344

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaohq1209 at 2012-04-10 20:43:11:
测序峰图不是很好,可能是测序错误。

如果是缺掉一个碱基,会造成移码突变,只能重做。

请问一个小白的问题,移码突变的话在什么位置不影响我的蛋白表达呢?换句话说,质粒基因启动的顺序是什么?
4楼2012-04-11 08:29:11
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