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astringent

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[交流] 求gromacs下QM/MM交作业pbs脚本已有1人参与

最近用gmx和orca做qmmm，想在计算机集群上提交作业，我自己写了一个脚本，可是提交之后，根本没计算。请问大家有没有用gromcas做QMMMM交作业的pbs脚本？借鉴一些，不甚感激

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1楼 2012-04-01 22:57:34

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dubo

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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

你可以看看能前台运行吗（不用脚本提交）
看看是你提交命令的脚本错了
还是PBS的脚本错了
这有一个普通的GROMACS的PBS脚本

#!/bin/bash
#PBS -N simg-gmx-test
#PBS -l nodes=1:beta:ppn=24
#PBS -q simg_queue
#PBS -j oe

nprocs=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
cd $PBS_O_WORKDIR

#========setup environment========
export GMXLIB=/public/home/simg/software/gromacs_v4/share/top

#========prepare parameters for lam mpi========
uniq $PBS_NODEFILE > lamnodes
recon -v lamnodes
lamboot -v lamnodes
rm -f lamnodes

#========runing script==========
grompp_mpi_v4 -f em.mdp -c com.gro -n index.ndx -p com.top -o em.tpr
mdrun_mpi_v4 -s em.tpr -o em.trr -x em.xtc -c b4md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v
grompp_mpi_v4 -f md.mdp -c b4md.gro -n index.ndx -p com.top -o md.tpr
mpirun -np $nprocs mdrun_mpi_v4 -s md.tpr -o md.trr -x md.xtc -c aft_md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v > log

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